医学生物信息学在心血管研究领域的应用——数据与知识.pdfVIP

维普资讯 生理科学进展2005年第 鲞笠 医学生物信息学在心血管研究领域的应用 — — 数据与知识 张其鹏 孙冬泳 卢 铭 覃 璞 尚 彤 (北京大学医学部心血管研究所，北京 100083) 摘要 随着生物技术的进步，特别是以基因组、蛋 白质组为标志的导致高通量实验数据产生的工作 的开展，大量的实验数据在各个领域堆积拥塞，与领域 内的知识的累计出现了极为不平衡的发展， 因此，对这些数据 的处理成为 了学科发展的迫切需求。为 了避免这些数据成为垃圾，数据库、 统计学、信号处理、数据挖掘、知识管理、人工智能等多种技术被运用到医学生物学领域，使得 医学生物信息学不再是医学、生物学和信息学、计算机科学的单纯交叉，而独立成为一门专业 的学科，重点也由原来单纯的研究计算机信息技术在医学生物信息学中的延展和运用，转变到 研 究、发现、开发、创新适合医学生物学 自身特点的新思想和新方法上来 ¨ 。本文对近年来 心血管领域 内医学生物信息发展和运用的情况进行了回顾和分析，并对该领域可能的发展方向做 出判断。 关键词 医学生物信息学；数据库；数据挖掘；知识管理；心血管学 中图分类号 N949 TheApplicationofBiomed-Informaticsin CardiovascularResearch— — Dataand Knowledge ZHANGQi—Peng，SUNDong—Yong，LUMing，QINPu，SHANGTong(PekingUniversityInstituteofCar— diovascularScience，Beijing100083) Abstract Withthedevelopmentofbiotechnology，especiallytheprojectswhichleadtohighthroughout experimentalresults，lotsofdatahavebeeniammedineveryrelatedfields，andbrokethebalancebe— tweendataandknowledgeinthesefields．Itisurgenttorefinethesedata，andletthem bemoreproduc— tive．Toavoidthesedatabeingdecayingintorubbish，technologyandhteorysuchasdatabase，statistics， datamining，knowledgemanagement，andartificialintelligencehadbeenappliedintobiologicandmedi— calstudyfields．So，anewstandaloneresearchsubject—biomed—inofmaticshasbeenformed．Thispaper reviewedtheapplicationofbiomed—infomr aticsincardiovascularresearch，andgavetheview forthefu— turedevelopmentofhtissubject． Keywords Biomed—inofmr atics；Database；Datamining；Knowledgemanagement；Cradiovasculra sci一 目前医学生物信息学在医学生物学和心血管领 两个层次：普通型数据库(generaldatabases)和专业 域的运用主要涉及资源建设、知识发现、标准化和知 数据库(specialdatbaase)。前者主要 以存储医学生 识服务等四个方面的问题。 物学实践中产生的数据为 目的，对数据进行初步的 一 、 资源建设 标准化，用比较简单的结构，例如：表结构，将大量的