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基因测序:一个怎样的潘多拉盒子 近日,基因测序被国家食品药品监督管理总局、国家卫生计生委“叫停”。通知指出,任何医疗机构不得开展基因测序临床应用,已经开展的要立即停止,仍继续开展的,卫生行政部门要依法依规予以查处。 基因测序本是一种实验室研究技术手段,近年来,却因“名人效应”而受到关注,应用于高端体检、产前诊断等领域,且价格不菲。 最广为人知的基因测序事件,是影星安吉丽娜·朱莉通过基因检测,选择手术切除乳腺以降低患乳腺癌的风险。2011年去世的苹果公司创始人史蒂夫·乔布斯在患癌时,也曾接受过全基因测序。 基因决定论与测序乱象 国家卫生计生委“叫停”基因测序的理由是,目前国内使用的基因测序仪及相关试剂、软件,均未获得国家对医疗器械的审评审批,属于“违法医用”。 其实,这只是表面理由。深层的原因在于,基因测序在不同国家和地区都存在认识上的模糊和使用上的乱象。 基因测序只是基因检测的方法之一,又称基因谱测序,是国际上公认的一种基因检测方式。但是,在实际中,基因测序的理念和做法却有些走样和变形,有陷入“基因决定论”的危险。 在欧美国家的基因测序开始进入临床后,中国也不甘示弱,一些医院也相继引入;甚至在一些地方,基因测序成为体检的必检项目。更有甚者,一些人还宣称基因测序可以“包测百病”,甚至“包治百病”;基因测序可以测出“天赋基因”,实现对孩子的“因材施教”等。在这种观念指导下,2011年 “优势天赋基因检测”项目和“疾病易感基因检测”项目就曾落户南方某医院。 基因固然主导着一个人的生老病死,是内因,即便如此,基因的作用也只是占30%左右,决定人的生老病死更多的因素在于外部环境和后天因素,要占70%左右。即便只考虑基因的作用,致病基因也需要在其他基因和分子的启动下才能表达和发挥作用。例如,所谓的大量的垃圾基因是一些功能基因的启动子,甚至连一些分子也决定着某种功能基因是开启还是关闭,这些因素也统称为触发基因表达的板机。 研究人员进一步发现,基因测序只是检测DNA的线性序列,即便发现基因变异、失序、缺失、增加、减少或重复,也无法获得人的生老病死的全面信息或基本信息。因为遗传信息的编码和表达不仅取决于DNA的线性序列,即4个碱基的排序,还取决于DNA和染色质结构的表观遗传学修饰。表观遗传修饰或表观遗传学现象主要包括DNA甲基化、染色质构象变化、基因组印记、基因沉默和RNA编辑等。其中,DNA甲基化是一种主要的基因组DNA表观遗传修饰形式,异常的DNA甲基化才是癌症的特征。 目前,基因测序的收费也非常混乱。有的机构做一次全基因测序要38万元左右,声称是把人体内2万多个基因扫描排列一遍;有的“基因检测”体检套餐价格达7.6万元;还有的单独检测68项基因的价格是3.4万元;当然也有便宜的,125项基因检测的基础套餐价格仅为1888元。 凡此种种都反映了在国内基因测序理念和收费的混乱,或许这些才是叫停基因测序的深层原因。 基因测序技术一直在发展 如果理性看待,基因测序当然是有巨大作用的。基因测序可以让人们更前瞻地了解一些遗传病和罕见病,发现致病基因,从而提早采取控制措施,及时治疗。因此,基因测序为解释人类重大疾病发病机理,开展个性化预测、预防和诊断治疗奠定了基础。 目前比较普遍使用的基因测序手段是英国科学家弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger)等人于1977年发明的双脱氧链末端终止法,其原理是根据核苷酸在某一固定点开始,随机在某一个特定的碱基处终止,产生A、T、C、G四组不同长度的一系列核苷酸,然后在聚丙烯酰胺凝胶上电泳(PAGE)检测,从而获得DNA序列。 如果根据测序仪来划分,基因测序大致经历了三代测序仪。第一代测序仪俗称毛细管基因分析仪,2001年初个人基因组草图发表,当时科学家们所用的测序平台就是第一代测序仪。2006年,以454公司(现并入Roche公司)模型机为代表的第二代测序仪出现,其特点是,边合成边测序,从而实现了高通量测序。现在,引领新潮流的第三代测序仪也在陆续研发中,如单分子测序仪等。 如果根据技术类别来划分,则基因测序大体分为三代。桑格发明的双脱氧终止法和后来的自动测序属于第一代基因测序技术;以高通量为特点的技术属于第二代测序技术,而且已逐步成熟并商业化;以单分子测序为特点的技术属于第三代测序技术,现在也已经出现。单分子测序代表了未来基因测序的方向,其优势是能够对单个DNA分子进行测序,而目前市场上的主流测序仪只能对分子群体进行平均测序。 另一方面,在测序成本上,现在只花1000美元就可以对一个人的基因组测序的技术已出现。总部位于美国加利福尼亚州卡尔斯巴德的生命技术(Life Technologies
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