第六章-分子动力学-gai_40_.pptVIP

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2018-05-15 发布于四川
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第六章-分子动力学-gai_40_.ppt

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第六章分子动力学;6.1 引言;;;讨论三种不同情况：;6.2 利用简单模型的分子动力学;;;6.3 具有连续势的分子动力学;6.3.1有限差值法;;若干积分方法;;说明：;2．Leap-frog算法[Hockney 1970];3．The velocity Verlet方法[Swope etal. 1982];4. Beemans算法[Beeman 1976];6.3.3 哪一种算法最适合？;;6.3.4 时间步长选择;;6.4 分子动力学模拟的设定和运行;二．粒子受力的计算;三、分子动力学模拟运行;;6.4.1 计算温度;6.5约束动力学(constraint dynamics); 3. Constraints分子动力学应用. Constraints分子动力学：是强加于体系的一个条件，如，把键长、键角固定不动。最一般的方法是SHAKE过程 [Ryckaert et al. 1977] 简单体系一般原理假设体系包括一个盒子在二维无摩擦的斜面（坡）下滑。盒子被限制维持在斜坡上，因此盒子的x和y坐标满足斜面的方程（即y=mx+c），如果斜面不存在，那么盒子将垂直地向下。;;;;;;;;;;6.7 恒温恒压分子动力学（Molecular dynamics at constant temperature and prosure）;6.7.1 恒温动力学;;;2. 第二种控制温度T的办法;;6.7.2 恒压动力学Constant prossure dynamics;;;; ;6.8 包含溶剂效应的分子动力学：平均力势场和随机动力学;一、讨论不需要具体列出溶剂分子而包含溶剂效应的模拟方法。; H H[例] 1，2二氯乙烷 C—C—C—Cl H H;看图6.13;二、考察溶剂分子对溶质分子作用的模拟方法;;;（三）第三种力 ;;;6.9 边界条件;一、周期性边界条件;;二、非周期性边界条件;;6.10 截断值方法;;;6.11分子动力学轨迹分析;;一、静态热力学性质;（一）热力学响应函数的预测;1. 热容;;;2. 膨胀系数;;; 3. 等容热压力系数;4. 其他响应函数;（二）径向分布函数（略）;;;二、相关函数;;;;三、迁移特性;;;;