七里香蔷薇地atpB-rbcl和trnL-FDNA序列分析.doc

七里香蔷薇的atpB-rbcl和trnL-FDNA序列分析 1、相关定义 1.1、类型转换序列推荐的概念定义 为了方便后文叙述以及消除歧义,本节将对后文常用的概念、术语以 Java 语言作为参照做出明确定义,并将结合一个示例进行阐释。 定义 2-1 类型转换:在 Java 语言中,类型转换可以为一次合法的对象方法调 用、对象域成员访问或者静态方法调用。其中类型转换的源类型为该对象的类型 或者空(当该类型转换为静态方法调用时),而类型转换的返回类型为方法调用 的返回类型或者是域成员的类型。 定义 2-2 类型转换序列: 对于已有的多个类型转换,Tr1,Tr2Tr ,若对 于i 1,2, ,n 1 均能满足Tr 的返回类型为Tr+1的源类型,我们称Tr1, Tr2Tr 这一系列类型转换为一个长度为 n 的类型转换序列,其源类型为Tr1的 源类型,返回类型为Tr 的返回类型。此外,任意一个类型转换其本身均是长度 为 1 的类型转换序列,该类型转换序列的源类型和返回类型分别为该类型转换的 源类型和返回类型。 定义 2-3 类型转换序列推荐问题:对于指定的目标类型 T 和程序环境 E,根 据条件不同寻找出一定数量返回类型为 T 的类型转换序列。 定义 2-4 环境类型: 在类型转换序列推荐问题中,我们称程序环境 E 所在 的类型为环境类型。 第 8 页 结合语义网技术的类型转换序列推荐研究 定义 2-5 类型可达: 在程序环境 E 中,对于给定的类型T1和T2,若存在至 少一个类型转换序列,其源类型为T1,返回类型为T2,我们称在程序环境 E 中, T1到T2类型可达,否则,我们则称T1到T2不可达。 为了更清楚地阐述上述概念,其示例代码如图 2-3 所示: 图 2-3 类型转换序列相关概念实例 Figure 2-3 Example of related term about type transformation sequence 在 request point 处发起请求时,图示代码即为程序环境,此程序环境的环境 类型为 CodeViewer,此请求的目标类型为 IStatusLineManager。第 5 行代码为类 型转换示例,此处类型转换为一处对象方法调用,其源类型为 IViewSite,返回 类型为 IActionBars。第 7 行代码为类型转换序列的示例,该类型转换序列中所 有的类型转换均为方法调用,其长度为 3,因为 getViewSite 方法是当前类所在 的方法,所以该类型转换序列的源类型为空,返回类型为 IStatusLineManager, 也就是 request point 期望得到的解。 1.2、基本概念定义以及相关定理 2.1.1 基本概念定义2.1.1 基本概念定义 在介绍方法之前首先给出相关的概念和定义: 定义 2-1:序列:一个序列 T={t1,t2, ,tn}是一个按照一定顺序排列的有序数据 集合[6]。 定义 2-2:子序列:长度为 n 的序列 T={t1,t2, ,tn},长度为 m 的序列 C={tp,tp+1, ,tp+m-1},m ,其中: (1)V 是图中的结点集,V 中的节点与 T 中的不同数字编号一一对应; (2)E 是图中的有向边集。T 中的任何两个相邻元素之间的前后关系都与 SG 中相应节点之间的有向边一一对应。 (3)W 是图中有向边权值集。E 中每条边与 W 中的相应权值一一对应。E 中 每条边的权值即该条边对应的序列在 T 中出现的次数。 例如,T={1,2,3,4,1,2,3,5,1,2,3,6},V={1,2,3,4,5,6}, 则SG中的边为,,,,,,,,且这 些边的对应权值分别是3, 3, 1, 1, 1, 1, 1, 1 。该序列图SG如图2.1所示。 定义 2-11:路径(Route):在 T 的序列图 SG 中,如果序列 S=X0X1 Xm,满 足对所有的 i,0≤i≤m,边 XiXi+1E,则称 S 是 SG 中的一条路径。 定义 2-12:封闭路径(Closed Route):在 T 的序列图 SG 中,R= XpXp+1 Xp+q, 如果 R 中的所有的边权值相等,并且对于任何连接节点 Xp-1和 Xp+q的边 Xp-1Xp和 Xp+qXp+q+1 的权值与 R 中任何边的权值都不相等,则 R 是一条封闭路径。 定义 2-13:距离(Distance, DIS):序列 D 和序列 C,其距离为 DIS(D,C)。 此处暂不给出距离 DIS 的具体定义,因为根据数据的不同,DIS 的具体计算 方法是不同的。本文在后面的实验章节中将给出实验中具体的 DIS 定义。 12 1.3、序列模式挖掘基本概念 通过上一小节的描述,可以知道序列