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茶树AMP脱氨酶基因的克隆及咖啡碱合成酶基因(TCS1)的cSNP分析论文
linkage cSNPs disequilibrium 7 haplotypes were detected. 4. The association analysis between cSNPs and caffeine content showed that only the caffeine content of AA and CC genotype was significantly correlated in 995 cSNP locus. Key words: Camellia sinensis, caffeine, AMP deaminase, TCS1, SNP, linkage disequilibrium III 目 录 摘要 I ABSTRACTII 1 文献综述 1 1.1 茶树中咖啡碱的研究进展 1 1.1.1 咖啡碱的药理功效及其对人体的副作用1 1.1.2 咖啡碱的生物合成途径1 1.2AMP 脱氨酶(AMP deaminase)基因的研究进展3 1.2.1 AMP 脱氨酶的特点3 1.2.2 AMP 脱氨酶基因的研究3 1.3 咖啡碱合成酶及基因(TCS1) 的研究进展4 1.4 单核苷酸多态性(SNP)研究进展 4 1.4.1 SNP 概述 4 1.4.2 SNP 的检测方法5 1.4.3 连锁不平衡(Linkage disequilibrium,LD)研究进展 6 2 引言 8 2.1 研究目的与意义 8 2.2 研究内容及技术路线 8 2.2.1 研究内容8 2.2.2 技术路线9 3. 材料与方法 10 3.1 实验材料9 3.2 仪器与试剂10 3.2.1 主要的实验仪器10 3.2.2 主要试剂10 3.2.3 实验室常用试剂配方10 3.2.4 引物合成与 DNA 测序11 3.3 实验方法11 3.3.1 总 RNA 的提取和检测11 3.3.2 茶树 AMP 脱氨酶基因的全长的克隆13 3.3.3 茶树 AMP 脱氨酶基因的 cDNA 序列及氨基酸序列生物信息学分析 .19 3.3.4 茶叶咖啡碱含量测定19 3.3.5 茶树 TCS1 的核苷酸多态性分析 20 4 结果与分析 22 4.1 RNA 的质量检测22 4.1.1 RNA 完整性检测22 4.1.2 RNA 纯度及浓度检测22 4.2 茶树 AMP 脱氨酶基因全长 CDNA 的克隆及序列分析22 4.2.1 AMP 脱氨酶基因全长 cDNA 的克隆 22 IV 4.2.2 AMP 脱氨酶基因的序列分析23 4.3 咖啡碱含量 29 4.3.1 咖啡碱标准曲线的制作29 4.3.2 咖啡碱含量的测定29 4.4 TCS1 核苷酸多态性分析 30 4.4.1 TCS1 的PCR 扩增 30 4.4.2 TCS1 的cSNP 分析 30 5 讨论 34 5.1 AMP 脱氨酶基因的的 CDNA 全长克隆和序列分析34 5.2 咖啡碱含量的测定 35 5.3 TCS1 的单核苷酸多态性分析35 6 结论 37 参考文献 38 附录A 英文缩写词汇表43 致 谢 44 作者简介 45 在读期间发表的学术论文清单 45 V 图表清单 图 1-1 茶树中咖啡碱
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