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同一染色体中三个短串联重复序列基因座突变研究

同一染色体中三个短串联重复序列基因座突变研究   短串联重复序列(shorttandemrepeat,STR)又称微卫星DNA,是一种可遗传的不稳定的并且具有高度多态性的短的核苷酸重复序列,在法医学亲子鉴定、个体识别及遗传病连锁分析等有广泛应用。STR核心序列的变异,可能导致对结果分析的偏差甚至误判,因此引起法医分子生物学和遗传学工作者的重视。我们在亲子鉴定工作中发现STR基因座D2S1338、TPOX和D2S441同时发生遗传突变的案例,且在D2S1338基因座发生了两步突变,这在亲子鉴定案例中极为罕见,现报告如下。   1 对象与方法   1.1 对象   涉及标准三联体1个案例,由被检父、生母及其孩子自行委托进行亲子鉴定。每位受检者采集静脉血1mL,用EDTA抗凝,置于4℃冰箱保存。   1.2 方法   1.2.1 DNA提取 Chelex-100法提取血样本基因组DNA。   1.2.2 PCR扩增和电泳分型   用PowerPlexreg;21系统荧光标记试剂盒复合扩增Amelogenin基因座和20个STR基因座(D3S1358,D1S1656,D6S1043,D13S317,PentaE,D16S539,D18S51,D2S1338,CSFlPO,PentaD,TH01,vWA,D21S11,D7S820,D5S818,TPOX,D8S1179,D12S391,D19S433,FGA)。此外用PowerPlexreg;FusionSystem荧光标记试剂盒复合扩增Amelogenin基因座和22个STR基因座(D3S1358,D1S1656,D2S441,D10S1248,D13S317,PentaE,D16S539,D18S51,D2S1338,CSFlPO,PentaD,TH01,vWA,D21S11,D7S820,D5S818,TPOX,D8S1179,D12S391,D19S433,FGA,D22S1045)以及1个Y-STR基因座(DYS391)。PowerPlexreg;21系统检测结果显示D2S1338和TPOX基因座不符合孟德尔遗传规律,PowerPlexreg;FusionSystem荧光标记试剂盒证实了PowerPlexreg;21系统检测结果,但同时又发现了D2S441位点也存在突变,因此加测PowerPlexreg;Y23System,Y染色体上的23个短串联重复序列基因座(DYS5762,DYS389I,DYS4482,DYS389II,DYS19,DYS391,DYS481,DYS549,DYS533,DYS438,DYS437,DYS570,DYS635,DYS390,DYS439,DYS392,DYS643,DYS393,DYS458,DYS385a/b,DYS456和Y-GATA-H4)。用ABI3500Dx遗传分析仪进行毛细管电泳,通过GeneMapperID-X软件进行结果分析。   1.2.3 统计分析   计算亲权指数(paternityindex,PI)、累积亲权指数(cumulativepaternityindex,CPI)及相对父权机会(relativechanceofpaternity,RCP)的计算参见文献。按照司法部《亲权鉴定技术规范》判断是否存在亲缘关系。   2 结果   2.1 PowerPlexreg;21系统和PowerPlexreg;FusionSystem检测系统在该认定亲子关系的案例中,均发现STR基因座D2S1338发生两步突变,TPOX发生一步突变,PowerPlexreg;FusionSystem检测系统检测D2S441发生一步突变。其余基因座分型结果符合遗传规律。检测系统分型结果及PI计算。   2.2 PowerPlexreg;Y23System基因座23个Y-STR基因座检测的分型结果显示争议父亲与小孩的单倍型分型结果相同。   2.3 数据分析根据人类遗传规律,孩子的遗传基因必然来自亲生父母双方。突变位点D2S1338基因座PI值计算:PI=0.00029,TPOX基因座PI值为0.00007,D2S441基因座PI值为0.0020。通过检测所用PowerPlexreg;21系统、PowerPlexreg;FusionSystem荧光标记试剂盒的24个STR基因座。常染色体STR基因座计算累积父权指数CPI为1222749807565.23,父权相对机会为0.99999(大于99.99%)。同时检测23个Y-STR基因座,分型结果符合父系遗传规律。   3 讨论   一般认为STR的突变是由于在DN

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