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生物网络构建与可视化
在生物信息学中,生物网络分析是理解生物系统复杂交互关系的重要工具。生物网络可以表示基因调控网络、蛋白质相互作用网络、代谢网络等多种生物学实体之间的关系。构建和可视化生物网络是这一过程的基础步骤,有助于揭示网络的结构特征和功能模块。
构建生物网络
生物网络的构建通常基于实验数据或文献数据。常见的数据来源包括蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)数据库、基因表达数据、代谢途径数据等。以下是一些常用的生物网络构建方法和工具:
基于实验数据的网络构建:
蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络:从PPI数据库(如STRING、BioGRID)中获取蛋
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