第二讲 文献、核酸序列、蛋白质序列查询PPT.ppt

第二讲;第一节 文献及核酸蛋白序列的有哪些信誉好的足球投注网站;NIH;NIH;0;利用NCBI进行文献查询;?;ISI Web of Knowledge;;;;影响因子的问题;中科院分区;h‐index; ESI数据库是一个衡量科学研究绩效、跟踪科学发展趋势的基本分析评价工具，是基于ISI引文索引数据库Science Citation Index （简称SCI）和 Social Science Citation Index（简称SSCI）所收录的全球8500多种学术期刊的900万多条文献纪录而建立的计量分析数据库。ESI在农学、生物学、化学等22个专业领域内分别对国家、研究机构、期刊、论文、科学家进行统计分析和排序，帮助用户了解在一定排名范围内的科学家、研究机构（大学）、国家（城市）和学术期刊在某一学科领域的发展和影响力。;ESI;?; 新乡医学院图书馆资源;TIGR数据库;特定基因的上下游序列;;;;基因的预测;利用NCBI对蛋白质的查询;通过NCBI鉴定蛋白质的结构域;进行序列相似性有哪些信誉好的足球投注网站:blast和FASTA;第二节 基于blast的序列有哪些信誉好的足球投注网站;实际工作中我们经常遇到的两种情况; 数据库查询为生物学研究提供了一个重要工具，在实际工作中经常使用。然而，在分子生物学研究中，对于新测定的碱基序列或由此翻译得到的氨基酸序列，往往需要通过数据库有哪些信誉好的足球投注网站，找出具有一定相似性的同源序列，以推测该未知序列可能属于哪个基因家族，具有哪些生物学功能。对于氨基酸序列来说，有可能找到已知三维结构的同源蛋白质而推测其可能的空间结构。因此，数据库有哪些信誉好的足球投注网站与数据库查询一样，是生物信息学研究中的一个重要工具。; 数据库有哪些信誉好的足球投注网站的基础是序列的相似性比对，即双序列比对(pairwise alignment)。 新测定的、希望通过数据库有哪些信誉好的足球投注网站确定其性质或功能的序列称作检测序列(probe sequence)；通过数据库有哪些信誉好的足球投注网站得到的和检测序列具有一定相似性的序列称目标序列(subject sequence)。 为了确定检测序列和一个已知基因家族之间的进化关系，在通过数据库有哪些信誉好的足球投注网站得到某些相似序列后，还需要判断其序列相似性程度。如果检测序列和目标序列的相似性程度很低，还必须通过其它方法或实验手段才能确定其是否属于同一基因家族。;对统计学意义的评价--E值(E-Value);表6 数据库相似性有哪些信誉好的足球投注网站程序BLAST和FASTA程序清单; FastA和BLAST程序是目前最常用的基于局部相似性的数据库有哪些信誉好的足球投注网站程序，它们都基于查找完全匹配的短小序列片段，并将它们延伸得到较长的相似性匹配。它们的优势在于可以在普通的计算机系统上运行，而不必依赖计算机硬件系统而解决运行速度问题。; BLAST是目前常用的数据库有哪些信誉好的足球投注网站程序，它是Basic Local Alignment Search Tool的缩写，意为“基本局部相似性比对有哪些信誉好的足球投注网站工具”[Altschul, 1990, 1997]。国际著名生物信息中心都提供基于Web的BLAST服务器。BLAST程序之所以使用广泛，主要因为其运行速度比FastA等其它数据库有哪些信誉好的足球投注网站程序快，而改进后的BLAST程序允许空位的插入。 可以访问NCBI的网站在线进行BLAST和FastA的有哪些信誉好的足球投注网站;表7 BLAST程序检测序列和数据库类型; BLAST程序是免费软件，可以从美国国家生物技术信息中心NCBI等文件下载服务器上获得，安装在本地计算机上，包括UNIX系统和WINDOWS系统的各种版本。但必须有BLAST格式的数据库，可以从NCBI下载，也可以利用该系统提供的格式转换工具由其它格式的核酸或蛋白质序列数据库经转换后得到。对核酸序列数据库而言，不论用哪种方式，都需要很大的磁盘空间；而程序运行时，需要有较大的内存和较快的运算速度，因此必须使用高性能的服务器。 ; 欧洲生物信息研究所BLAST服务器的用户界面(图4)比较简洁，提供的数据库和参数很多，用户可以根据不同要求，选择不同的数据库和各种参数。一般情况下，可以先按照系统给定的缺省参数进行初步有哪些信誉好的足球投注网站，对结果进行分析后再适当调整参数，如改变相似性矩阵、增加或减少空位罚分值、调节检测序列滑动窗口大小等。对于核酸序列数据库，一般选择重复序列屏蔽功能，而对于蛋白质序列，特别是球蛋白，通常不必选择重复序列屏蔽功能。 ;图4 欧洲生物信息学研究所的BLAST服务器的用户界面 ;BLAST结果的评价;BLAST程序的选择;比对结果是否有意义的判定;Basic Local Alignment Search Tool, BLAST(基本的局部比对有哪些信誉好的足球投注网站工具);Using NCBI-BLAST;;;gigb|AF287139.1|AF28713