猪细小病毒自然弱毒N株PPVN株VP1蛋白二级结构及B细胞抗原表位预测.pdfVIP

猪的传染病一猪细小病毒病 胞抗原表位预测 赵武‘李斌梁家幸梁保忠姚瑞英黄安国何颖蒋玉雯 (广西兽医研究所病毒室， 南宁530001) 可能性，用J锄eson．wblf方法预测vPl蛋白的抗原指数，然后综合分析VPl蛋白的B细胞抗原表位．结果表明， 136．188区域最有可能是B细胞抗原表位的优势区域．本研究将为PPV二N株自然弱毒的分子机理以及反向疫苗学的 研究提供一定的理论依据． 关奠词PPV-N株；vPl蛋白；二级结构；B细胞抗原表位 猪细小病毒感染是由猪细小病毒(porcinepanrovirus，PPV)引起的被公认为导致母猪繁殖障碍 的主要传染病之一。该病主要特征为受感染的母猪尤其是初产母猪及血清学阴性经产母猪发生流产、 不孕、产死胎、畸形胎、木乃伊胎及弱仔等，而母猪本身无明显临床症状。该病广泛存在于世界各 地并在大多数猪场呈地方性流行，严重影响养猪业的健康发展。目前预防该病的有效手段是使用PPv 疫苗免疫ll J。PPV属细小病毒科细小病毒属，具有独特的分子生物学特性，成熟的病毒粒子基因组 为单股负链线状DNA分子，大小约5000个核苷酸，而且仅在细胞周期的S期的晚期和G2期早期 f0珊 DNA，RFDNA)，再以RFDNA为模板合成病毒IT瓜NA和子代病毒基因组。PPV基因组(正链)有2 个主要的开放阅读框架，3’端编码结构蛋白(VP)，5’端编码非结构蛋白／调节蛋白(NS)，整个编码 毒疫苗，经实验室和田间试验证明该弱毒苗有良好的安全性、免疫原性和遗传稳定性【3’4舶7】。为了 探索PPV-N株的自然弱毒的分子生物学机理，以及为今后PPV反向疫苗学【81等研究打下基础，本研 究应用生物信息学技术对PPV-N株的主要结构蛋白及免疫原性抗原VPl进行了二级结构和B细胞 抗原表位的预测。 1材料与方法 1．1 PPv-N株VPl蛋白基因序列 析。 1．2 nv-N株VPl蛋白二级结构预测 基的晶体结构来预测VPl蛋白的二级结构，其原理是根据对已知氨基酸序列和二级结构的蛋白质进 定氨基酸残基在特定结构内部的可能性，该方法是建立在对已知结构的氨基酸构象统计分析的基础 上，编程后进行预测，其精确度较高。用Ka叩lus．Schu舷法【ll】预测vPl蛋白骨架区的柔韧性。 1．3 PPv．N株VPl蛋白B细胞抗原衷位的预测 的氨基酸组成预测VPl蛋白的疏水区和亲水区，用EIIlim法【l3】预测特定区域位于vPl蛋白表面的可 能性，用J锄es∞一WbH法【14J预测VPl蛋白的抗原指数。然后综合分析VPl蛋白B细胞抗原表位。 基金项目：广西自然科学基金项目(桂科自0728102) 第十三次学术研讨会会议论文集 2结果与分析 2．1 VPl蛋白的=级结构预测 折叠区域，较均匀地分布于整个VPl蛋白，该方法预测的洳螺旋较少，p一折叠较多。在a．螺旋和p- 折叠区域的间隙有长短不一的转角区域61个，比较均匀地分布于整个VPl蛋白。存在长短不一的 无规则卷曲区域66个，分布也比较均匀。 多分布于VPl蛋白的中部和C端，该方法预测的a一螺旋较多，p一折叠较少。在a-螺旋和p折叠区域 的间隙有长短不一的转角区域65个，分布比较均匀，但这些区域普遍明显比Gamier．Robs伽法预测 的转角区域要长。 14．7 627．635，644—647，663．668，680．683，694．700，706．709，716，722．725。(见图1) 口嗣埔 r————广———1————1————1————_r————_r————T————T————_r————T————_r————-r————-r————_t——1 ∞ 1∞ 1靳2∞2∞3∞3∞ 枷 黝∞O船O∞0 帖O 7∞ A——●卜■————卜—————-_——————————————————————————————一·却h．融—瞄。∞腓舶b∞ A——-．卜_●H———{—I_