脊尾白虾gapdh基因的克隆及其内参基因稳定性分析-中国水产科学.pdfVIP

中国水产科学 2017 年9 月, 24(5): 10031012 Journal of Fishery Sciences of China 研究论文 DOI: 10.3724/SP.J.1118.2017.17018 脊尾白虾GAPDH 基因的克隆及其内参基因稳定性分析 1, 2, 3 1 ,2, 3 1, 2, 3 1, 2, 3 1, 2, 3 1, 2, 3 4 薛蓓 , 张培 , 李志辉 , 赵莲 , 赖晓芳 , 高焕 , 李健 , 阎斌伦1, 2, 3 1. 淮海工学院 海洋生命与水产学院, 江苏省海洋生物技术重点实验室, 江苏 连云港 222005; 2. 江苏省海洋生物产业技术协同创新中心, 江苏 连云港 222001; 3. 江苏省农业种质资源保护与利用平台, 江苏 南京 210014; 4. 中国水产科学研究院 黄海水产研究所, 山东 青岛 266071 摘要: 为比较甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, GAPDH) 、18S rRNA 和β-actin 基因 在脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)作内参基因的优劣, 本研究采用同源克隆和 RACE 技术, 克隆了脊尾白虾 GAPDH 基因全长 cDNA 序列(GenBank 登录号: KX893516), 通过实时荧光定量 PCR(quantative real-time PCR, qPT-PCR)技术, 检测 3 种基因在脊尾白虾不同组织及不同蜕壳后时间点的表达量变化, 在此基础上进行内参稳定 性分析。结果显示, 脊尾白虾 GAPDH 基因全长 1514 bp, 开放读码框 1002 bp, 编码333 个氨基酸, 二级结构预测 显示 GAPDH 蛋白具有一个高度保守的 NAD+结合功能域(NAD binding domain)和行使糖运输和代谢的催化功能 域。分析 qRT-PCR 结果并结合 geNorm 、NormFinder 和BestKeeper 3 种软件的分析发现, 在不同组织和不同蜕壳 后时间点，3 种内参基因的稳定性由高到低依次为 18S rRNA、GAPDH、β-actin 。因此, 在脊尾白虾不同组织和不 同蜕壳后时间点的定量分析中, 选取单内参基因时, 推荐使用 18S rRNA 为内参基因, 双内参时推荐 18S rRNA 和 GAPDH, 而 18S rRNA、β-actin 和GAPDH 在其他生理条件下作内参基因的稳定性还有待进一步研究。 关键词: 脊尾白虾; GAPDH; 内参基因; 组织; 蜕壳后时间点 中图分类号: S917 文献标志码: A 文章编号: 10058737(2017)05100310 脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda) 是广泛 因通常是各种管家基因(housekeeping genes), 是 [1] 分布于黄、渤海区域的中国特有的养殖经济虾类 , 指其表达水平不受研究条件的影响, 且可以在多 具有繁殖能力强、适应性广和生长速度快等优点[2] 。 种样本间恒定表达的已知参照基因[7] 。然而, 大 近年来, 养殖规模不断扩大, 产量可占中国东部 量的研究结果表明, 在所有组织、发育时期、生 沿海混养池塘总产量的 1/3[3] 。该虾的基础生物学 理条件下均稳定表达的理想的内参基因是不存在 研究也日益受到重视, 尤其是在繁殖发育及