粪肠屎肠球菌及相近种部分持家基因的系统发育分析-微生物学报.pdfVIP

微生物学通报 Feb. 20, 2014, 41(2): 297−303 Microbiology China © 2014 by Institute of Microbiology, CAS tongbao@ DOI: 10.13344/j.microbiol.china.130738 研究报告 粪肠、屎肠球菌及相近种部分持家基因的系统发育分析 张文羿 吕嫱 徐海燕 宋宇琴 孙志宏 张和平 孙天松* ( 内蒙古农业大学 乳品生物技术与工程教育部重点实验室 内蒙古 呼和浩特 010018) 摘 要：【目的】利用16S rRNA、clpX 和 recA 基因分子标记研究 Enterococcus faecalis 、 Enterococcus faecium 及相近种间的种系发育关系，并比较这些基因序列对E . faecalis 、E . faecium 及相近种的区分能力。【方法】以分离自传统乳制品中的9 株E . faecium 和 1 株E . durans 分离 株为研究对象，以clpX 和recA 基因片段为标记，通过PCR 扩增、测序，结合已公布的近缘种 相应序列构建系统发育树并与 16S rRNA 基因进行比较。【结果】在基于clpX 和recA 基因的进 化树中，10 株试验菌株与E . faecalis 始终处于同一分支。与该物种这两个基因的平均相似性为 99.6%和98.6% ，与另一分支的Faecium-group (E . durans 和E . faecium)的平均相似性仅为61.5% 和 33.5% 。相近种E . durans 和E . hirae 间这两个基因的差异性为20.3%和 39.0%；在基于 16S rRNA 基因的进化树中，试验菌株与Faecium-group (E . lactis 、E . faecium 、E . durans 、E . hirae) 处于同一分支。与这些成员间该基因的相似性大于99.6% ，与E . faecalis 基因的平均相似性可 达98.4%。相近种间该基因相似性无明显差异。【结论】按照10 株试验菌株 clpX 和recA 基因 的分析结果可将由传统生理生化和16S rRNA 基因序列鉴定的9 株E .faecium 和 1 株E . durans 归类为E . faecalis ，clpX 和recA 基因可用于部分相近种的分类鉴定。 关键词：粪肠球菌，屎肠球菌，系统发育分析，16S rRNA 基因，持家基因 Phylogenetic analysis of closely related Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium species based on partial housekeeping genes ZHANG Wen-Yi LÜ Qiang XU Hai-Yan SONG Yu-Qin SUN Zhi-Hong * ZHANG He-Ping SUN Tian-Song (Key Laboratory of Dairy Biotechnology and Engineering Ministry of Education, Inner Mongolia Agricultural University,