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拟南芥POT基因密码子使用特性分析 　　摘要：运用CodonW程序对拟南芥（Arabidopsis thaliana）POT基因密码子组成、同义密码子使用频率和全长编码区密码子进行分析。结果表明，拟南芥POT基因密码子适应指数（CAI）与同义密码子第三位碱基含量（C3s）、密码子偏爱指数（CBI）均呈显著正相关（P1的密码子多以碱基A或T结尾。 　　关键词：拟南芥（Arabidopsis thaliana）；POT基因；密码子 　　中图分类号：Q943 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2013）04-0956-03 　　Characterization of Codon Usage of Arabidopsis thaliana POT Gene 　　WANG Fu-yuan1，TANG Ning2，YANG Ping2 　　（1.Higher Vocational and Technology School， China Pharmaceutical University， Nanjing 211198， China； 　　2.School of Biochemistry and Environmental Engineering， Nanjing Xiaozhuang College， Nanjing 211171， China） 　　Abstract： CodonW software was applied to analyze the nucleotide composition， relative synonymous codon usage and other parameters of Arabidopsis thaliana POT gene. The results indicted that CAI was significantly positively correlated with C3s and CBI（P1 of A. thaliana POT gene ended with A and T. 　　Key words： Arabidopsis thaliana； POT gene； codon 　　POT基因是拟南芥编码高亲和性K+载体蛋白的基因[1]，将AtPOT1基因导入酵母菌缺钾营养突变体，可使其恢复对K+的吸收[2，3]。同义密码子的使用偏好性与诸多生命活动密切相关。目前密码子的使用偏好性主要集中在对已知全基因组序列的低等生物和模式生物的基因组密码子使用模式研究[4-6]，对单一功能基因家族的密码子用法研究还比较少[7，8]。本研究通过分析拟南芥POT基因家族全长编码框密码子的使用特性，为深入研究POT基因的进化、表达调控机制等提供重要的理论依据。 　　1 材料与方法 　　1.1 拟南芥POT基因序列 　　从TAIR（http：///）和Uniport（http：///）获得拟南芥POT基因家族序列。序列名称及Uniport对应登录号如下：AtPOT1：022397；AtPOT2：022881；AtPOT3：Q9FE38；AtPOT4： Q9LD18； AtPOT5： Q9M7K4； AtPOT6：Q8W414； AtPOT7： Q9FY75； AtPOT8： Q9M7J9；AtPOT9： O49423； AtPOT10： Q9SA05； AtPOT11：O64769；AtPOT12：O80739；AtPOT13：Q8LPL8。 　　1.2 方法 　　利用CodonW（http：///）和CUSP（http：//bioweb2.pasteur.fr）软件分析拟南芥POT基因密码子使用特性的参数包括：氨基酸数（L_aa）、同义氨基酸数（L_sym）、氨基酸组分指数[平均亲水性值（Gravy）和芳香性值（Aroma）]、A3s、 T3s、G3s、C3s（同义密码子在第三位上腺嘌呤、胸腺嘧啶、鸟嘌呤和胞嘧啶的出现频率）、GC含量（基因的G+C含量）、GC3s（编码同一氨基酸的同义密码子的第三位的GC含量）、ENC（有效密码子数）、FOP（最优密码子使用频率）、CBI（密码子偏爱指数）、RSCU（密码子使用相对概率）、CAI（密码子适应指数）等。运用SPSS 17.0统计软件进行密码子组成和使用偏好性各参数间相关性的分析。 　　2 结果与分析 　　2.1 拟南芥POT基因的密码子组成和使用性参数分析 　　拟南芥POT基因氨基酸数（L_aa）、同义氨基酸数（L_sym）、氨基酸组分指数（平均亲水性值和芳香性值）、A3s、T3s、G3s、C3s、GC3s、ENC、CAI、GC含量等密码子使用特性见表1。由表1可知，拟南芥POT基因GC含量为42