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第二节--分子对接与虚拟筛选
第二节 分子对接与虚拟筛选 一、分子对接 分子对接是通过研究小分子配体与受体生物大分子相互作用，预测其结合模式和亲和力，进而实现基于结构的药物设计的一种重要方法。 根据配体与受体作用的“锁钥原理”，分子对接可 以有效地确定与靶受体活性部位空间和电性特征互补匹配的小分子化合物。 刚性对接 是指研究体系的构象的对接过程中不发生变化 半柔性对接 是指对接过程中研究体系中的配体构象允许在一定范围内变化 柔性对接 是指研究体系在对接过程中构象可以自由变化 二、计算机虚拟筛选技术 小分子三维数据库 1、剑桥结构数据库 是由剑桥大学的剑桥晶体数据中心提供的有关有机分子晶体结构信息的三维结构数据库系统 2、国家癌症研究所数据库 3、ACD-3D数据库 是MDL数据库的一种，是用户检索化学品供应商和价格信息的一种有效途径 4、DDR数据库 是MDL数据库库产品中的一种 二、虚拟筛选的策略 三、虚拟筛选的意义及有关应用 意义：是针对每一个特定的靶标结构，可以在很短时间内获得活性化合物的线索，将研究目标从几百万个化合物集中到几百个化合物，大大提高了筛选化合物的速度和效率，缩短新药研究的周期。 应用：制药公司使用了虚拟筛选，改变了传统高通量筛选的生产模式，从原先的“体外筛选→体内筛选”花费时间长，价格昂贵，转化为现在利用虚拟筛选的生产模式，“虚拟筛选→体外筛选→体内筛选→体化筛选”高效、快速、经济，应用与功能基因组和化学生物学研究。 * * 二维分子数据库 蛋白质结构 三维结构转化结构优化 质子化/电荷归属结构优化 构想产生数据归属 确定结合位点 分子对接 打分 评价并选择分子 候选分子 基于分子对接的虚拟筛选流程图 *
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