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BrainVoyager操作流程
BrainVoyager 操作流程
步骤一:重命名
File→Rename DICOM Files
说明:一般文件起名英文,否则排序时可能不成功。
步骤二:转换功能像
1.File→Nnew Pproject
2.Pproject type→选择 functional MRI data set (FMR)
3.describe data
select first source file→ 选择你的被试的功能像每个run文件中的第一个文件,例如,liulei_intertemporal choice_s1-0011-0001-00001.dcm
skip first N volumes: 1-5 (即要去掉前面的几个TR)
4.Target directory:
(即转化的结构像放在什么地方,最好在每个被试的数据下面建一个放分析数据的文件夹,例如,analysis ;然后在analysis文件下面再建两个文件夹,例如,function 和anatomy,即一个文件夹放功能像的分析数据,另一个文件夹放结构像的分析数据)
因为本步骤是处理的结构像,所以选择function文件夹。
5.点go
6. FMR properties→Verified都要打钩
7.点击上面的“保存”按钮,进行保存。例如,这是我第一个被试的第一个run,则可以保存为 s1_run1
然后重复上面的操做,把这个被试其它run文件的功能像数据进行转化
步骤三:转换结构像
File→Nnew Pproject
Pproject type→选择 Aanatomical 3D data set (VMR)
describe data
select first source file→选择你的被试的3d文件中的第一个文件,例如,liulei_intertemporal choice_s1-0017-0001-00001.dcm
Number of slices: 176 (结构像扫描的层数,我们这边是176层).
4. Target directory:
因为本步骤是处理的结构像,所以选择anatomy文件夹。
5. 点go
6.Contrast and brightness→ok
7. 进行保存。例如,这是我第一个被试的3d,则可以保存为 s1_3d
8. 点击Yes
9. apply same transformation 前面打钩,点ok.
10.点保存
步骤四:功能像预处理
(每个功能像文件都要预处理,因此打开一个功能像文件,例如,s1_run1.fmr)
1. Analysis→FMR Data Preprocessing
2. 在Preprocessing options中选择进行哪些预处理步骤(已经选择为三项)
3. 点击Advanced,可以精细调整相应参数
(1) 3D motion correction:
1) 头动校正默认方法是Trilinear interpolation, 可以使用Trilinear/sinc interpolation,更慢但是结果更好
2) 点击右侧的option
user other FMR for intra-session alignment 打钩,选择转化后的第一个功能像,即 s1_run1.fmr (以后这个被试其它run的预处理都选择这个文件);
align T1 saturated first volume FMR 前面的钩去掉
点0k
4.点击go开始处理
头动参数图每条曲线代表的含义:
红:x轴方向的平移
绿:y轴方向的平移
篮:z轴方向的平移
黄:x轴方向的旋转
红紫:y轴方向的旋转
青:z轴方向的旋转
Y轴刻度代表平移的毫米数或者旋转的度数。Cross scan不超过2.5毫米或者2度
可以右击保存头动的图像。
步骤五:建构实验矩阵
打开一个已经完成的预处理的功能像文件
1.Analysis→Stimulation protocol
2.Experiment name:起一个名字
3.Add:通过add增加你的变量;
Edit name:可以对你的变量进行命名,例如,我的有两个变量,一个是forecd-choice,一个是free-choice。
Edit color:可以设置你的变量的颜色。
4.点击Show plot,点击一个变量(例如,forced-choice),然后随意的选几个长方形的竖条,然后再点击add to PRT;
然后再点击另一个变量(例如,free-choice),然后再选几个长方形的竖条,然后再点击add to PRT.
5. 点击save PRT保存。(例如,如果是第一个run的prt, 则可保存为run1_prt)
注:
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