BrainVoyager操作流程.docVIP

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BrainVoyager操作流程

BrainVoyager 操作流程 步骤一:重命名 File→Rename DICOM Files 说明:一般文件起名英文,否则排序时可能不成功。 步骤二:转换功能像 1.File→Nnew Pproject 2.Pproject type→选择 functional MRI data set (FMR) 3.describe data select first source file→ 选择你的被试的功能像每个run文件中的第一个文件,例如,liulei_intertemporal choice_s1-0011-0001-00001.dcm skip first N volumes: 1-5 (即要去掉前面的几个TR) 4.Target directory: (即转化的结构像放在什么地方,最好在每个被试的数据下面建一个放分析数据的文件夹,例如,analysis ;然后在analysis文件下面再建两个文件夹,例如,function 和anatomy,即一个文件夹放功能像的分析数据,另一个文件夹放结构像的分析数据) 因为本步骤是处理的结构像,所以选择function文件夹。 5.点go 6. FMR properties→Verified都要打钩 7.点击上面的“保存”按钮,进行保存。例如,这是我第一个被试的第一个run,则可以保存为 s1_run1 然后重复上面的操做,把这个被试其它run文件的功能像数据进行转化 步骤三:转换结构像 File→Nnew Pproject Pproject type→选择 Aanatomical 3D data set (VMR) describe data select first source file→选择你的被试的3d文件中的第一个文件,例如,liulei_intertemporal choice_s1-0017-0001-00001.dcm Number of slices: 176 (结构像扫描的层数,我们这边是176层). 4. Target directory: 因为本步骤是处理的结构像,所以选择anatomy文件夹。 5. 点go 6.Contrast and brightness→ok 7. 进行保存。例如,这是我第一个被试的3d,则可以保存为 s1_3d 8. 点击Yes 9. apply same transformation 前面打钩,点ok. 10.点保存 步骤四:功能像预处理 (每个功能像文件都要预处理,因此打开一个功能像文件,例如,s1_run1.fmr) 1. Analysis→FMR Data Preprocessing 2. 在Preprocessing options中选择进行哪些预处理步骤(已经选择为三项) 3. 点击Advanced,可以精细调整相应参数 (1) 3D motion correction: 1) 头动校正默认方法是Trilinear interpolation, 可以使用Trilinear/sinc interpolation,更慢但是结果更好 2) 点击右侧的option user other FMR for intra-session alignment 打钩,选择转化后的第一个功能像,即 s1_run1.fmr (以后这个被试其它run的预处理都选择这个文件); align T1 saturated first volume FMR 前面的钩去掉 点0k 4.点击go开始处理 头动参数图每条曲线代表的含义: 红:x轴方向的平移 绿:y轴方向的平移 篮:z轴方向的平移 黄:x轴方向的旋转 红紫:y轴方向的旋转 青:z轴方向的旋转 Y轴刻度代表平移的毫米数或者旋转的度数。Cross scan不超过2.5毫米或者2度 可以右击保存头动的图像。 步骤五:建构实验矩阵 打开一个已经完成的预处理的功能像文件 1.Analysis→Stimulation protocol 2.Experiment name:起一个名字 3.Add:通过add增加你的变量; Edit name:可以对你的变量进行命名,例如,我的有两个变量,一个是forecd-choice,一个是free-choice。 Edit color:可以设置你的变量的颜色。 4.点击Show plot,点击一个变量(例如,forced-choice),然后随意的选几个长方形的竖条,然后再点击add to PRT; 然后再点击另一个变量(例如,free-choice),然后再选几个长方形的竖条,然后再点击add to PRT. 5. 点击save PRT保存。(例如,如果是第一个run的prt, 则可保存为run1_prt) 注:

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