应用新型荧光定量PCR技术检测FGFR2基因SNP.pdfVIP

现代仪器(www．moderninstrs．org．cn) l_ ||i 应用新型荧光定量PCR技术检测FGFR2基因SNP 李晓莉 姚 慧 焦振 山 张斌 (1．天津市长征医院中心实验室 天津 300120) (2．天津医科大学附属肿瘤医院乳腺科 天津 300060) 摘 要 目的：探讨一种 目前较为新颖的通过RotorGene一3000荧光定量PCR仪进行 Tmshifting荧光定量 PCR扩增测定单核苷酸多态性 (SNP)的可行性。方法 ：以9l3份 乳腺肿物患者成纤维细胞生长因子受体2(FGFR2)基因rs2981582位点 (T—C)作为研 究对象，用荧光染料 SYBRGreenI标记 DNA，并在设计引物时在所研究基因的特异性 引物 5’末端连接上不同长度的尾，使不同基因型标本的PCR融解曲线的高峰出现在不 同位置，最终可通过对 PCR融解曲线的分析进行 SNP分型测定。结果 ：纯合子 C／C基 因型融解 曲线峰出现在 84．60C处，特殊情况下稍向右偏移，但不超过85．10C，峰型较 尖。纯合子T／T基因型融解曲线峰出现在 87．50C处，特殊情况下稍向左偏移，但不小 于870C，峰型较尖。杂合子T／C基因型融解曲线峰出现在前两者之间，峰型较平。结论： 实验结果表明，用本方法检测大批量人群标本的SNP结果符合遗传平衡定律，且操作简 便 ，检测耗时短，结果特异且 费用较为低廉 ，适合于进行大规模样品的SNP快速测定。 关键词 荧光定量PCR 单核苷酸多态性 FGFP2基因 乳腺癌 单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymor— 目前虽然有大量检测 SNP的方法 ，但大都价 phism，SNP)主要是指在基因组水平上的由单个 格昂贵、速度较慢 ，这限制其在科学中的应用 ，所 核苷酸变异引起的DNA序列多态性。它是人类可 以迫切需要有低成本、高效率的新方法涌现。当前 遗传的变异中最常见的一种，占所有已知多态性 应用最普遍的荧光定量PCR技术能够用于SNP的 的90％以上 ，是继限制性片段多态性 (restriction 分型研究_3’。荧光定量PCR法测定SNP可分为 fragmentlengthpolymorphism，RFLP)和微卫星多 传统的TaqManProbe(探针法)和必威体育精装版Tm—shifting 态性 (microsatellitepolymorphism)这两种遗传指 荧光染料法。本文采用后一种技术，以乳腺肿物患 标之后的第三代分子标记。SNP在人类基因组中 者FGFR2基因的SNP检测为例进行方法学研究， 广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有 1个， 建立一种快速、准确的SNP测定方法，从而验证 估计其总数可达 300万个甚至更多 川。 Tm—shifting荧光定量PCR法测定SNP的可行性。 绝大多数疾病的发生与环境因素和遗传因素的 1 材料与方法 综合作用有关，通常认为是在个体遗传易感性的基 础上 ，加上环境有害因素作用而导致疾病。不同群 1．1 病例资料 体和个体对疾病的易感性、抵抗}生以及其他生物学 所有病例均来 自天津肿瘤医院乳腺科，收集 日 性状有差别 ，其遗传学基础便是人类基因组DNA 期为2005年4月至2007年 1月，共计913份乳腺 序列的变异性 ，其中最常见的就是SNP2【]。人们愈 肿物患者血样标本，其中良性患者为475例，乳腺 来愈相信基因组中的SNP有助于解释个体的表型 癌患者 438例。 差异、不同群体和个体对疾病 ，特别是对复杂疾病 1．2 仪器与试剂 如肿瘤等的易感性以及对各种药物的耐受性和对环 荧光定量PCR仪 ：Ro