《基迪奥生物教学资料》练习三、污染样本的评估.pptxVIP

污染样本评估数据背景生物样本常常会面临微生物污染的问题，一般分为两种情况： 1）主动引入污染，一般是染病实验； 2）被动引入，由于未知的原因，引入了未知的微生物。 如果污染没有被即时发现，并给予矫正，可能会给定量带来误差。从而影响数据的可靠性。处理一般对于潜在污染的样本（污染源未知），且没有参考基因组的物种，一般的处理步骤为： 1）分析样本的基因表达模式，是否异常；2）挑出潜在污染样本特异表达的基因，在NCBI进行blast；3）注释出污染的Unigene，给予剔除，并矫正表达量。请参考脚本：“updowndensity.r” 进行绘图分析个人实操结果解读从差异基因数量来看，上调表达的基因显著多于下调的基因。应激的确一般会导致大量基因上调表达，所以需要进一步观察基因差异倍数的分布。个人实操结果解读右侧这一列基因，数量巨大（数千个），而且为处理组特异表达的基因（差异倍数大于10X），怀疑可能部分来源外源微生物基因。需要通过进一步Blast 验证；谢 谢