《基迪奥生物教学资料》练习五、胁迫缓解效应的分析.pptxVIP

胁迫缓解效应的分析 范例背景：A离子会导致植物发生胁迫应激，而B离子具有缓解A离子胁迫的作用。实验处理组组合（根组织）为：CK组、A处理组、（A+B）处理组。结果（如左图）：CK vs A： 有大量差异基因；CK vs （A+B）：依然有大量差异基因；A vs（A + B）：没有差异；问题：A组 和 AB处理组是否真的没有差异，分析是什么现象导致了这个结果。原因推测：缓解的区间小于应激区间缓解区间应激区间CK vs A = 10CK vs AB=7AB vs A=1.4这也解释了AB -vs A差异基因极少证明的思路1)B对A有缓解作用(作用方向相反）2)但B的缓解作用不足以抵消A的应激（体现在在CK vs A 差异明显、CK vs AB 差异明显、AB vs A 差异不明显）。对于一个对A处理有反应的基因X，其表达模式预期是：1）log2(A/CK) 与 log2(AB/CK)的正负值相同；2）2 A/AB 1（上调） 或 1/2 A/AB 1（下调） 即 0|log2(A/CK) -log2(AB/CK)|1 （A的作用比B强烈）；图表中的预期我们对这些基因落在散点图中的位置有所预期：1）大部分位于1、3象限；2）应该位于灰色所在的区间实现过程1）将A组差异表达表（CK-vs-A.all.xls）和AB组差异表达表（CK-vs-AB.all.xls）合并 方法：使用perl脚本 或 在线绘图网站备注：结果就是练习文件夹中的All merge。2）从合并的总表中，挑出A组差异的1951个基因，则这个表包含这些基因在A组和AB组的差异倍数； 方法：excel表挑选。且由于列名有重复，需要改名处理，顺便简化数据表。备注：精简后的文件为integrate.xls3）用步骤2）中的数据画散点图； 方法：R绘图 ，请参考脚本 pare.r结果证明了我们的预期对A作用产生应答的基因，大部分分布在我们预期的位置从而证实了我们的推断——B对A有缓解作用，但却无法做到完全消减A的胁迫作用。小结越是看起来异常的结果，背后可能越存在有价值的信息；简单的绘图方法，结合实际生物学意义，也能产生很有说服力的结果。谢 谢整体思路：1）背景：两个公司合作的基础；2）产品的总述和比较（关联）3）用2个案例来展示两个公司的潜在合作模式； 意向：基迪奥 → 伯信 意向：伯信 → 基迪奥