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上机二 实验报告 【实验名称】 BLAST与数据库相似性有哪些信誉好的足球投注网站。 【实验目的】 掌握blast与数据库相似性有哪些信誉好的足球投注网站方法。 【实验原理】 利用相关网络平台和相关程序进行数据有哪些信誉好的足球投注网站和分析，用到的软件有：RasMol、UltraEdit-32， 用到的网站有： HYPERLINK / / /blast/ 【实验内容】 某天，Prof. Gene在小鼠(Mus musculus)中发现了一个与有丝分裂相关的基因,通过DNA测序，得到部分序列： GATGAGCTGCTTATCCTACAACGAGAAGTCGGACATCTGGTCCTTGGGCTGCCTGCTGTATGAGCTGTGTGCACTAATGCCTCCCTTTACAGCTTTCAACCAAAAAGAGCTAGCTGGGAAAATCAGGGAAGGGAGGTTCAGGCGCATCCCCTACCGCTACTCTGATGGCTTGAATGACCTCATCACTCGGATGCTGAATTTAAAGGACTACCATCGACCTTCAGTGGAAGAAATTCTGGAGAGCCCTTTGATAGCAGACTTGGTTGCAGAAGAGCAAAGGAGAAATCTGGAGAGGAGAGGACGGCGCTCAGGCGAGCCTTCGAAGCTGCCGGACTCCAGCCCTGTGCTGAGCGAGCTCAAGTTGAAGGAAAGGCAACTGCAGGATCGAGAGCAAGCACTCAGAGCTCGGGAGGACATCCT 回答下列问题： 1.该基因在酵母中的同源蛋白是什么？ 2.该蛋白质有何功能？ 3.该蛋白质的三维结构是否得到解析？ 【实验步骤】 首先在Genbank中有哪些信誉好的足球投注网站该序列的相似序列，判断其来自于那个基因，有哪些信誉好的足球投注网站其编码的蛋白。 由于蛋白质序列更加保守，故以小鼠该基因编码的蛋白质序列来有哪些信誉好的足球投注网站酵母中的相似序列。 获取酵母中的同源蛋白的序列（在Uniprot中通过BLAST有哪些信誉好的足球投注网站该蛋白质序列）。 进入 HYPERLINK /blast/ /blast/ ，查看该蛋白的详细信息。 具体步骤如下： 1.首先在Genbank中有哪些信誉好的足球投注网站该序列的相似序列，判断其来自于那个基因，有哪些信誉好的足球投注网站其编码的蛋白。 点击nucleotide blast 输入序列，选择物种，点击blast 如图显示，这个基因是小鼠的Nek2 NIMA基因，基因序列号是：NM_010892.3。 点击检索到的编码号显示如图，点击send下的FASTA protein 再creat file可下载到所编码的蛋白序列。 2. 由于蛋白质序列更加保守，故以小鼠该基因编码的蛋白质序列来有哪些信誉好的足球投注网站酵母中的相似序列。 图上，使用protein blast，输入下载到的蛋白序列，输入限制条件为酵母。 图上，找到酵母中相似度高的蛋白。 3.获得酵母中同源蛋白的序列。 点击该蛋白后，可获得其蛋白序列。 3.进入 HYPERLINK /blast/ /blast/ ，查看该蛋白的详细信息。 用蛋白序列进行有哪些信誉好的足球投注网站，将范围限制在酵母。 有哪些信誉好的足球投注网站结果中第一条便是我们希望获得的蛋白。 点击此蛋白，可见其详细信息，图中所显示的是其功能。 图中显示的是其3D结构解析情况。 【实验结果】 1.该基因在酵母中的同源基因是CMK2（编码EGA88144），编码蛋白CaM kinase II（标识符E9PA33），具有保守功能结构域S_TKc。 2.该蛋白是酵母的一种蛋白激酶。 3.其三维结构尚未解析。 【实验分析】 通过该实验，基本掌握通过blast有哪些信誉好的足球投注网站基因和蛋白的相似性的方法，也加深了对相似比对的理论理解。相信本次实验一定对后续的的学习和生物信息检索方面有很大帮助。