实验四蛋白质序列结构的获取和显示..pptVIP

1. 目前最主要的蛋白质分子结构数据库； 2. 1970年代建立，美国Brookhaven国家实验室维护管理; 3. 1988年，由美国RCSB(research collaboratory for structural biology)管理； 4. 以文本格式存放数据，包括原子坐标、物种来源、测定方法、提交者信息、一级结构、二级结构等； 5. PDBsum数据库：PDB注释信息综合数据库，具有检索、分析、可视化的功能。（已移至EBI） 2.分子模型数据库MMDB (Molecular Modeling Database)是一个关于三维生物分子结构的数据库，是美国生物技术信息中心(NCBI)所开发的生物信息数据库集成系统Entrez的一个部分。 MMDB是来源于PDB三维结构的一部分，MMDB重新组织和验证了这些信息，从而保证在化学和大分子三维结构之间的交叉参考。 * 1. 目前最主要的蛋白质分子结构数据库； 2. 1970年代建立，美国Brookhaven国家实验室维护管理; 3. 1988年，由美国RCSB(research collaboratory for structural biology)管理； 4. 以文本格式存放数据，包括原子坐标、物种来源、测定方法、提交者信息、一级结构、二级结构等； 5. PDBsum数据库：PDB注释信息综合数据库，具有检索、分析、可视化的功能。（已移至EBI） * 每个PDB文件可能分割成一系列行，由行终止符终止。在记录文件中每行由80列组成。每条PDB记录末尾标志应该是行终止符。PDB文件中每行都是自我识别的。每行的前六列存放记录名称，左对齐空格补足.必须和规定的记录名称一致。PDB文件也可看成是各种记录类型的总和。每个记录类型包括一行或多行又被更深一层分成各字段。 * 　连通性部分?　　CONECT(原子间的连通性有关记录)? CONECT详细的描述了已给出坐标的原子间的连通性。而这种连通性是以该记录的原子序列号的形式表现的。CONECT记录是用来描述那些非标准残基（包括水）和那些在标准连通性表中没有被详细列出的键。 　　簿记?　　1 MASTER (版权拥有者)?　　2 END(文件结束) * CXCR4 Structures?of the?CXCR4?chemokine?GPCR?with?small-molecule?and?cyclic?peptide?antagonists. * 用上述的方法把选择的残基（sele）改名为 s1。点击 S1 行的 S 选择 sticks，C 选择 by elements ,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个 N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢 键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示 出来水分子，点击 all 行 S 选择 nonbonded，此时就看到一个水与 N 形成氢键，点击分子空白处，然后点击选择这个水分子，更改它的名字为 w。在all 行点击H，选择lines，在选择nonbonded，把这些显示方式去掉只留下cartoon。点击w行s 选择nb-spheres. * 点 击 右 上 角 的 ray ，等待一会，完成后就发现图片好多了，这时千万不 要再在图片上点击了，赶快保存图片。 * 数据查看： (3)分别单击标签3D view，Sequence，Annotations，Seq.Similarity, 3D Similarity, Literature, Biol. Chem., Methods, Geometry观察数据信息。 (4)回到Summary标签，在右侧的Biological Assembly区域可以观察蛋白的三维结构。 (5)单击右侧目录中的Download Files下载不同格式和内容的文件；或下载FASTA序列文件；也可下载PDB文件(1XKI.pdb)。 第三步：观察数据信息 1XKI 第四步： 1XKI结构展示图 下载PDB结构文件 5.数据结构 PDB中对于每一个结构记录，包含名称、参考文献、序列、一级结构、二级结构和原子坐标等信息。 每条记录有两种序列信息，一种是显式序列信息(explicit sequence)，一种是隐式序列信息(implicit sequence)。 在PDB文件中，以关键字SEQRES作为显式序列标记，以该关键字打头的每一行都是关于序列的信息；PDB的