利用正交设计优化黄瓜的SSR-PCR反应体系.pdfVIP

维普资讯 面 北磨 业 学报 2008，i7(3)：280284 ActaAgriculturaeBoreali～occidentalisSinica 利用正交设计优化黄瓜的SSR—PCR反应体系 李亚利 陈书霞，孟焕文，程智慧 ，柴丹丹 (西北农林科技大学 园艺学 院，陕西杨凌 712100) 摘 要：以自皮黄瓜 13-2—2为试材，采用正交设计 I (4)在 4个水平上对影响黄瓜 SSR—PCR反应体系的 Taq酶浓度 、Mg 含量、模板 DNA用量、dNTP浓度及 引物用量等 5个 因素进行 了试验优化 ，并用单因素完 全随机试验筛选各反应因素的最佳水平，建立了黄瓜 SSR—PCR反应的最佳体系。结果表明：在 2O L反应体 系中，Taq酶最适浓度为 0．5U，Mg 最适浓度为 2．0mmol／L，模板 DNA最适用量为 5ng／~I，dNTP最适用 量为 0．2mmol／I，引物最适浓度为 0．6~mol／L；引物最佳退火温度为 50．0℃。利用 2O个黄瓜材料验证此反 应体系，6 变性聚丙烯酰胺凝胶 电泳检测结果显示 ，扩增产物在 i00～300bp之间多态性高，且反应体系的 稳定性和重复性好 。 关键词 ：白黄瓜 ；SSR—PCR；体系优化 中图分类号 ：$642．2 文献标识码 ：A 文章编号 ：1004—1389(2008)03—0280—05 Optimization ofSSR—PCR System forCucumber UsingOrthogonalDesign LIYa—li，CHEN Shu—xia，MENG Huan—wen，CHENG Zhi—hui andCHAIDan—dan (CollegeofHorticulture，NorthwestA 8vFUniversity，YanglingShaanxi 712100，China) Abstract：TheexperimentwasconductedtoinvestigatetheimpactofTaqenzymeconcentration，Mg content，amountoftemplateDNA ，concentrationofdNTP andamountofprimeronSSR—PCR reac— tionsystem forwhiteskincucumberB 2—2byusingofI16 (4 )orthogonaldesign．Thefullyrandom singlefactorexperimentdesignwasused toselecttheoptimum levelforeach factorto optim izethe SSR—PCR amplification system．Theresultsshowedthatinthe20 L reactionsystem ，theoptimum concentrationofTaqenzyme，Mg。 templateDNA，dNTPandprimersare0．5U，2．0mmol／L，5 ng／I，0．2mmol／Land0．6 mol／I，respectively．Thebestoptimum primerannealingtemperature is50．0℃ ．Theestablishedamplificationsystem wastestedon20cucumberstrainsand6 denaturing polyacrylamidegelelectrophoresisresultsshowedthattheamplifiedproductswereintherangeof100 ～ 300bppolymorphism ，andthereaction system wasprovedingoodstabilityandreproduc．bility． Keywords：W hiteskincucumber；SSR PCR；Reactionsystem optimization SSR(simplesequencerepeats)即简单序列 中发现Ⅲ ，其长度大多在