基于ERIC-PCR分子杂交技术对大熊猫肠道菌群结构分析.pdfVIP

中国畜牧兽医学会动物微生态学分会第三届第七次学术研讨会论文篥(2004年) 菌的各个属。因此，建立一种能快速、精确分析人肠道中脆弱拟杆菌组成的方法将对肠 道微生态研究及临床分析产生重要的意义。 本实验建立了一套基于脆弱拟杆菌属特异性PCR基础上的TGGE和克隆文库的方法 来分析人肠道中拟杆菌的组成。用一对脆弱拟杆菌属特异性的引物对10个不同健康状况 的个体的粪便菌群总DNA进行扩增均可得到约230bp的目的片段，将该片段进行TGGE (温度梯度凝胶电泳)分析，可直观地区别不同个体肠道内拟杆菌组成的差异。对一健 康lo岁男孩，我们还对其拟杆菌特异的520bp进行了克隆建库分析，测序结果表明同源 CF fecalbacterium 性最高的菌为：Bacteroides 138(92％ vulgatus(99％同源)，Uncultured isolate 同源)、BacteroidesMiformisWH207(99％同源)、Bacteroidessp．AR20(100％)、 B．fragilis(100％)和B．caccae(97％)这6种类型。 此种基于脆弱拟杆菌属特异性PCR基础上的TGGE和克隆文库相结合的方法可简 便、精确地分析人或动物肠道中拟杆菌的组成，并为快速监测拟杆菌在肠道菌群中的变 化提供可能。 关键词：脆弱拟杆茵TGGE克隆文库胃肠道 基于ERIC。PCR的分子杂交技术对大熊猫肠道菌群结构的分析 鲁海峰t．魏桂芳’，赵立平’，王爱善2，顾建萍2，金会宇3，孙强3 (1上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态学与生态基因纽学实验 室，200240；2上海动物园，200335；上海野生动物园，201300) 动物所特有的尖锐发达的犬齿、较短的肠道和肉食动物的消化生理特点。据考古资料，在 20 0 0多万年前的更生世早期到1 0万年前的更生世中晚期，大熊猫就已广布于我国 南半部，因而著有“活化石”之称。寄生在大熊猫体内的微生物在相对较为稳定的微环境 下，如动物正常消化功能和疾病息息相关的肠道微生物，也必经过漫长的历史进化。对 大熊猫肠道微生物菌群中优势菌结构及其稳定性进行研究具有重要意义。雷蕾、陈永林、 喻述容、余建秋、Kazuhiro Hirayama等通过传统的培养方法从形态学、生化反应特性等， 对我国国宝大熊猫的阴道、胃肠道、口腔分泌物韵微生物进行培养鉴定。我们知道，绝 大多数肠道微生物目前还不能培养．传统培养鉴定方法由此具有一定的局限性，不能全面 地反映肠道菌群的结构特征。从微生物分子生态的角度，采用先进的分子生物学实验技 术，对大熊猫肠道微生物菌群的系统研究工作亟待开展。鉴于此，本实验工作主要是以 大熊猫肠道微生物群总DNA为研究对象展开，初步了解上海动物园及上海野生动物园所 饲养的三只大熊猫肠道菌群结构的特征及其菌群的稳定性。方法：以此三只大熊猫的粪便 微生物总DNA为模板，获缛反映肠道菌群组成特征的ERI C—PcR及southern． 中国畜牧兽医学会动物微生态学分会第三届第七坎学术研讨会论文集(2004年) 性指数，从而可以得到群落差异的量化结果。实验结果表明，不同于杂食性动物，大熊 猫肠道优势菌菌群结构在个体之间及个体不同时期中表现出相对比较高的稳定性和相似 性(个体之间的相似性大于80％)。我们知道，大熊猫食物成分的99％是高山深谷中生长 的20多种竹类植物，也许正是其单一食性，导致大熊猫肠道微生物区系中优势菌菌群结 构的相似性。同时本研究也证明了本实验所采用的DNA提取方法、ERIC·PCR、ERIC引 物随机标记探针、 southern杂交、等技术高重复性及在大熊猫肠道微生物区系研究中的 可行性。 southern杂交大熊猫肠道微生物 关键词：ERIC—PCR DNA指纹图与分子探针技术在研制新型微生态制剂中的应用