基于XML的DNA公共数据模型.pdfVIP

第35卷 第24期 计 算 机 工 程 2009年 12月 VoL35 No．24 ComputerEngineering December2009 · 软件技术与数据库 · 文章编号：100_．3428(2o09)24__oo57— 3 文献标识码：A 中图分类号；TP311．12 基于XML的DNA公共数据模型 杨进才，金 蕾，胡金柱 (华中师范大学计算机科学系，武汉 430079) 摘 要：针对 目前DNA数据组织与处理中存在的数据异构问题，提出一个基于XML的DNA公共数据模型(DCDM)。该模型具有很强的 可扩展性，能克服一般公共数据模型的作用范围小的缺点 ，可用于构建DNA研究领域统一的DNA数据描述模式。实验结果表明，该模型 能解决 DN．数据异构中的语义异构。 关键词：数据异构；语义异构；DNA公共数据模型；XML技术 DNA CommonDataM odelBasedonXM L YANGJin-cai，JINLei，HUJin-zhu (DepartmentofComputerScience，HuazhongNormalUniversity，Wuhan430079) [Abstract]AimingattheproblemofdataisomerismexistinginDNAdataorganizingandprocessing．aDNACommonDataModeI(DCDM)based onXMLtechnologyisproposedinthispaper．Comparedtotheecumenicalcommondatamodelswhichhavenarrow rangeofapplication，DCDM hasmuchstrongerexpansibility，whichcouldbetheuniform modeofDNAdatadescription．Experimentalresultshowsthatthemodelcaneliminate sem anticisom erism inDNA dataisomerism [Keywords]dataisomerism；semanticisomerism；DNACommonDataModel(DCDM)；XMLtechnology l 概述 2 DNA公共数据模型 目前生物学研究已进入后基因时代，产生的巨量的生物 DNA数据语义异构主要包括：命名冲突和结构冲突。前 基因数据有待分析与处理。然而主要的 DNA 数据库并没有 者对于同一概念或数据的命名不同，后者对同一信息的描述 一 个完全统一的数据库格式，这就导致 DNA 数据异构问题 采用不同的结构。因此，对于这些语义异构的数据，采用统 的存在。 一 数据模型描述的方式，将原始数据模式通过公共数据模型 数据的异构分为语法的异构和语义的异构…。DNA数据 进行翻译，生成的输出模式再通过模式集成生成统一模式， 异构问题是生物数据整合研究中的重点。随着 XML 日渐成 这样，就可以完成异构数据的整合，消除语义异构 。本文 为Web上数据交换的事实标准，很多DNA数据库开始采用 提出的DNA公共数据模型就是通过希望建立统一的DNA数 XML作为生物数据的描述语言。XML的使用基本上能解决 据描述模式来实现 DNA数据的整合，消除语义异构。 生物数据在语法上的异构问题，但语义的异构问题依然存在。 2．1 DCDM框架 如何消除DNA数据问的异构是DNA数据整合中的关键 XML能够描述半结构化的数据，而DNA数据基本上都 问题。现阶段的