巴戟天种质资源SCoT分子标记遗传多样性分析.docx

巴戟天种质资源SCoT分子标记遗传多样性分析

关键词：巴戟天；种质资源；SCoT；遗传多样性；聚类分析；mantel检验中图分类号：S567.1Σ+90.32文献标志码：A文章编号：1002-1302（2025）11-0031-08

巴戟天（MorindaofficinalisHow）为茜草科巴戟天属植物，其干燥根入药，具有补肾阳、强筋骨、祛风湿的功效，主治阳痿遗精、月经不调等病症[1]。近年来，随着人们生活水平的提高，巴戟天作为“药食两用”性中药，市场需求量急剧增加，供不应求，导致人们过度采挖，使得巴戟天野生资源已接近枯竭，其商品药材绝大多数来源于栽培，经过长期的自然选择和人工嫁接，种质资源已经分化[2。关于巴戟天种质资源的研究，有学者采用RAPD[3]、ISSR[4]、SRAP和CDDP分子标记[5]进行研究，但多为一代分子标记技术。目标起始密码子多态性（SCoT）是基于PCR扩增的二代分子标记技术，是由Collard等开发的一种新颖的标记技术[]，基于基因的ATG翻译起点相应的侧翼序列设计引物，该方法结合了前述分子标记技术的优势，具有操作简单、重复性好、多态性高等优点，可作为RAPD等传统分子标记的有效补充[7]。SCoT分子标记在各类植物上都有较强的通用性，近年来SCoT分子标记已在广西葛根[8]、地黄[9]、广藿香[10]、白芨[]、枸杞[12]青钱柳[13]、金线莲[14]、栀子[15]等多种中药材的遗传多样性分析研究中得以应用，而国内外未见有关于巴戟天SCoT分子标记研究的文献报道。

本试验选用条带清晰、多态性好的7条SCoT引物对32个居群巴戟天的遗传多样性进行分析，了解不同居群间的亲缘关系，以期为新品种选育、优良基因的挖掘提供参考依据。

1材料与方法

1.1试验材料

183份巴戟天样品分别于2023年采集自广西、广东、福建和海南4个省份32个居群，样品清洗后置于含硅胶的密封袋中，于-20°C冰箱中保存，样品信息见表1。巴戟天经广西中医药大学戴忠华副教授鉴定为茜草科巴戟天属巴戟天。

1.2试验仪器与试剂

试验仪器与试剂包括梯度PCR仪（美国Bio-

Rad公司）凝胶成像仪（GelLogic）、天根植物DNA提取试剂盒（天根生化科技有限公司）.2×HieffPCRMasterMix（上海翌圣生物科技股份有限公司）、GelRed染料（Biotium）、琼脂糖（BioFroxx）、5×TBE缓冲液（北京索莱宝生物科技有限公司）。

1.3总DNA提取及检测

按照试剂盒DNA提取方法提取巴戟天总DNA，提取产物经1%凝胶电泳检测；采用超微量紫外分光光度计检测巴戟天总DNA纯度及其浓度，并将样品浓度稀释到浓度为20ng/μL，置于-20°C冰箱中保存。

1.4引物筛选

83条引物由生工生物工程（上海）股份有限公司合成，其中36条引物为参照Collard等的研究开发的通用引物，47条引物为自设引物，以183份巴戟天样品进行引物筛选，对PCR产物进行凝胶电泳检测，筛选出条带清晰、多态性好的引物进行PCR扩增。

1.5PCR扩增与产物检测

PCR反应体系（20μL）：0.5μLDNA模板（20μg/mL），1μL上、下游引物?10μmol/L），8μL2×HieffPCRMasterMix，ddH20加至20μL;PCR程

序：95C3min;95C25s，52.2C60s，72C110s，45个循环；。PCR产物置于1.0%琼脂糖凝胶中检测。

1.6数据与统计

对凝胶电泳图进行分析，以条带有无为依据，将电泳图转化为“1”“0”矩阵表。通过POPGENE32软件分析Neis基因多样性指数（H）等遗传信息参数。基于居群间遗传相似度矩阵，利用NTSYS2.10进行聚类分析。应用GENALEX软件对巴戟天居群的地理距离、遗传距离进行mantel检验，分别用于检测个体间的相互关系和地理距离、遗传距离的相关性。

2结果与分析

2.1扩增产物的多态性

使用7条SCoT引物对183份样品进行扩增，部分引物（SCoT-51）的琼脂糖凝胶电泳扩增结果如图1所示，不同引物的多态性位点指数如表2所示。

总扩增条带位点均值为15.2857，最高的是引物SCoT-35（20），最低的是引物SCoT-51（13）；多态性位点最高的是引物SCoT-35（20），最低的是引物SCoT-51（8），均值为14.4281;多态性位点占比均值为94.39%，引物SCoT-51最低（61.54%），其次是引物SCoT-77（92.86%），其余5条引物多态性位点占比均最高（100.00%）。

2.2不同居群的样品遗传多样性分析

32个巴戟天居群的遗传多样性指数见