MSTN^(-_-)鲁西黄牛肌肉全转录组共表达网络及转录本富集分析.pdfVIP

黑龙江富牧兽医2024(07):59-67畜牧科学

D0I:10.13881.2023.05.0066

MSTN--鲁西黄牛肌肉全转录组共表达网络及

转录本富集分析

OSID

强明威，陈星宇，王桥梦，胡德宝，张林林，李新，丁向彬，郭宏*，郭益文*

（天津农学院动物科学与动物医学学院/天津市农业动物繁育与健康养殖重点实验室，天津300384）

中图分类号：S823.9文献标识码：A文章编号：1004-7034(2024)07-0059-09

摘要：为了探究与牛骨骼肌发育相关的共表达网络及核心转录本，挖掘牛骨骼肌在发育过程中的调控转录本，试验

采用新的fastp+kallisto+Sleuth分析方法对牛骨骼肌转录组测序数据进行分析，通过转录组测序分析筛选出两组肌肉

样本差异表达的RNA，对其进行CO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析、WGCNA分析和GSEA富集分析。结

果表明：转录组测序共鉴定出32919个转录本，按照是否满足11bFC1≥2、P0.05的条件共筛选出457个差异表达转

录本，其中上调转录本303个，下调转录本154个。457个差异表达转录本共涉及106个G0功能注释条目和14个

KECG信号通路，差异表达转录本主要富集在与细胞周期、细胞生长密切相关的基因功能注释和信号通路中。457个

差异表达转录本被划分到显著相关的3个转录本模块，棕色模块有83个转录本，蓝色模块有93个转录本，绿色模块

有111个转录本，并且筛选出10个核心转录本。核心转录本多数集中在细胞黏附分子、AMPK信号通路、PI3K-Akt

信号通路、肌动蛋白细胞骨架的调节等与细胞周期、细胞生长密切相关的通路中。说明牛骨骼肌发育受基因转录水平

调控的影响。

关键词：牛；骨骼肌；转录组；转录本；共表达网络分析；基因集富集分析

Wholetranscriptomecoexpressionnetworkandtranscriptenrichmentanalysisinthe

muscleofMSTN-/-Luxicattle

QIANGMingwei,CHENXingyu,WANGQiaomeng,HUDebao,ZHANGLinlin,LIXin,DINGXiangbin,

GUOHong*,GUOYiwen

(CollegeofAnimalScienceandAnimalMedicine/TianjinKeyLaboratoryofAgriculturalAnimalBreedingandHealthyBreeding,

TianjinAgriculturalUniversity,Tianjin300384,China)

Abstract:Inordertoexplorethecoexpressionnetworkandcoretranscriptsrelatedtothedevelopmentofbovineskeletalmuscle,andexplore

theregulatorytranscriptsofbovineskeletalmuscleduringdevelopment,thenewfastp+kallisto+Sleuthanalysismethodwas