基于转录组学的刺五加不同药用部位的差异表达基因分析.pdfVIP

分子植物育种，2025年，第23卷，第6期，第2007-2013页

MolecularPlantBNo.6,2007-2013

研究报告

ResearchReport

基于转录组学的刺五加不同药用部位的差异表达基因分析

陈昊媛1丁悦1唐晓雷3毛英民2苏航2*

齐滨1

1长春中医药大学药学院，长春，130117;2长春中医药大学人参研究科学院，长春，130117;3长春中医药大学附属医院，长春，1

30021

共同通信作者，webmaster@ccucm.edu.cn;jlpg2018@ccucm.edu.cn

摘要本研究基于刺五加的不同药用部位根与叶转录组测序，分析差异表达基因，采集刺五加根和叶两部

分，提取RNA并构建cDNA文库，利用IlluminaHiseq高通量测序平台进行测序。根据FDR≤0.01和FC≥2

的标准筛选DEG，对差异表达基因进行功能注释，基于注释信息，分析关键酶在刺五加根与叶中的表达差

异。研究结果共得到37.87GbCleanData,Q30碱基百分比在92.61%及以上，组装后共获得56966条

unigene。与各数据库比对后，共获得31116条unigene的注释结果，按照标准筛选后得到13607个DEGs，显

著上调的基因有6404个，显著下调的基因有7203个，且具有显著性差异。进行GO注释与KEGG富集，分

别有6723个差异基因获得GO注释，6424个差异基因富集到124个KEGG代谢通路。本研究分析了刺五

加不同组织的基因表达差异，为其有效成分合成途径及其应用提供参考依据。

关键词刺五加；转录组；差异表达基因；功能注释

Transcriptomics-basedAnalysisofDifferentiallyExpressedGenesinDif-

ferentMedicinalPartsofAcanthopanaxsenticosus

ChenHaoyuan1DingYue1TangXiaolei3MaoYingmin2SQiBin1*

SuHang2

1CollegeofPharmacy,ChangchunUniversityofTraditionalChineseMedicine,Changchun,130117;2CollegeofPharmacy,ChangchunUniversityof

TraditionalChineseMedicine,Changchun,130117;3AffiliatedHospitalofChangchunUniversityofTraditionalChineseMedicine,Changchun,

130021

*Co-correspondingauthors,webmaster@ccucm.edu.cn;jlpg2018@ccucm.edu.cn

DOI:10.13271/j.mpb.023.002007

AbstractThisstudyisbasedontranscriptomesequencingofdifferentmedicinalpartsofAcanthopanaxsen-

ticosus,includingrootsandleaves,toanalyzedifferentiallyexpressedgenes.TherootsandleavesofAcan-

thopanaxsenticosuswerecollected,RNAwasextracted,andacDNAlibrarywasconstructed.TheIluminaHiseq

high-throughputsequencingplatformwasusedforsequencing.Thedifferentiallyexpressedgeneswerefunctiona