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MARCATORI POLIMORFICI DEL DNA Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) (Studi di associazione) Variable Number of Tandem Repeats (VNTR) Minisatelliti (Diagnostica forense) Microsatelliti (Studi di associazione e diagnostica forense) Single Nucleotide Polymorphism (SNP) (Studi di associazione anche per caratteri quantitativi) ENZIMI DI RESTRIZIONE 1) Sequenza di riconoscimento (da 4 a 8 basi) detta palindrome: rispetto ad un asse di simmetria esiste la stessa sequenza di basi su entrambi i filamenti quando questi vengono letti in direzione 5’- 3’; 2) Sporgenze al 5’ o al 3’; 3) Estremità coesive o non coesive; 4) Isoschizomeri (enzimi diversi che riconoscono la stessa sequenza); 5) Enzimi con sequenze di riconoscimento diverse ma che creano estremità compatibili (isoschizomeri) (es: BamHI e MboI). Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) Polimorfismo per lunghezza di frammenti di restrizione Identificazione di RFLP attraverso Southern blot Identificazione di RFLP attraverso Southern blot Identificazione dell’allele S per la falcemia attraverso un RFLP nel gene beta della globina Un locus Un altro locus Un altro locus 1 2 3 MINISATELLITI Esempio: Sequenza GGGCAGGAXC (core) simile alla sequenza “chi” di E. coli, segnale per la ricombinazione generalizzata Sequenze ripetitive ipervariabili disperse nel genoma principalmente nei telomeri (9-64 bp in blocchi da 0,1 a 20 kb). Variabilità inter-individuale dovuta al numero di ripetizioni in tandem Uso del fingerprint del DNA per scopi medico-legali (minisatelliti di Jeffreys) (A) test di paternità (B) test per casi di violenza sessuale Simple sequence repeats (1-5 bp) disperse nel genoma (blocchi inferiori a 100 bp) Variabilità inter individuale per numero di ripetizioni in tandem MICROSATELLITI o STR (SHORT TANDEM REPEATS) Microsatelliti analizzati con PCR e gel di acrilammide Eredità di microsatelliti in una famiglia Microsatelliti amplificati con PCR multiplex e a