第8章微生物的分类和鉴定.pptVIP

第八章 微生物分类与鉴定;第八章 微生物的分类和鉴定;据保守估计，地球上 真菌约150万种，细菌4万种，病毒130万种 但认识的微生物仅是估计数量的5-10%，即15万-20万种;分类(classification)： 根据一定的原则(表型特征相似性或系统发育相关性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定。;命名(nomenclature)： 是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称。;种是生物分类中基本的分类单元和分类等级。 ;由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱， 细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”。;3.种以下的分类单元;3）菌株(strain)： 从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物都可以称为一个菌株；用实验方法(如通过诱变)所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。;4）群（group)： 一个物种转变成另一个新物种，必然要经过一系列的过度类型，因此在两个不同种微生物之间常出现一些介于两个菌种之间的中间过度类群。通常将这两种微生物和介于它们之间的微生物类群称为群。如大肠菌群。;二、微生物的命名;当两个或多个学名排在一起时，若它们的属名相同，则后面的属名可缩写成1个或3个字母，在其后加一个点；但发表学术论文时一般要求三个字母。 如 ： Bacillus可缩写成“B.” 或“Bac.” ; （2）三名法 有亚种或变种时，学名由“三名法”构成 学名=属名 + 种名加词 + subsp 或 var + 亚种或变种的加词 斜体 正体（可省略） 斜体（不可省略） 例1：苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种 Bacillus thuringiensis （subsp） galleria 例2：椭圆酿酒酵母(或酿酒母椭圆变种) Saccharomyce cerevisiae （var）ellipsoidleus ;三、微生物分类鉴定的方法;（一） 经典分类鉴定法;形态和生理生化特征是最常用 的细菌分类、鉴定指标;- 分类学的复杂及进化 - 生化鉴定项目的多样性 微生物生化特性的变异性 试剂质量的稳定性 - 人工处理及计算结果的烦杂性; 在生物学表型为指标的传统方法，正在向 微量化、简便化、快速化、智能化的方向发展。 目前已有商品化的鉴定系统（全自动和手动系统），如： API系统（法国） “Enterotube”（美国） “Biolog”（美国）; API ：(p357) 全球细菌鉴定的金标准！ 即：其他快速鉴定方法的 参比标准！ ;API 系统成绩;API 细菌鉴定系统; 试剂条特別选择了生化/同化反应种类：20种以上 API试条多种类:15-16种 各有相应的数据库 所有生化结果同一培养时间(18-24hr) ;;简单快速的试剂条选择方法;图 8 | 4 简明的操作示图;简单标准的操作方法;操 作 步 骤 (API 20E);阅读结果;;API 结果 根据T值及%Id的组合，作出评语： (i) 极好的鉴定结果 %Id 99.9及T0.75 (ii) 很好的鉴定结果 %Id 99.0及T0.50 (iii) 好的鉴定结果 %Id 90.0及T0.25 (iv) 可以接受的鉴定结果 %Id 80.0及T0 (v) 可疑的生化谱 %Id≤80.0 ; 定义：按大量表型性状的相似性程度进行统计、归类。 特点: 使用尽可能多的性状，每个性状同等重要。 步骤: (1) 收集菌株，选择性状 (2) 性状编码 (3) 相似性计算:计算相关系数Ssm或Sj（见补充说明) Ssm=（a+d）/(a+b+c+d) 正负反应性状 Sj=a/(a+b+c) 正反应性状 Sj 80-85% 种 Sj 65% 属 (4)系统聚类（见后图） (5)聚类结果的表示 ;;(1)计算两菌株间的相关系数 有以下两种计算方式： ;2. 微生物遗传型的鉴定;（1） DNA碱基比例的测定;A) 每个生物种都有特定的GC%范围，因此后者可