西施舌Cyt b基因核苷酸差异分析.pdfVIP

第 29卷第 9期 水 产 科 学 Vo1．29NO．9 201O年 9月 FISHERIES SCIENCE Sep．2010 西施舌 Cytb基 因核苷酸差异分析 孟学平，申 欣，张 波，程汉 良，田 美，郑雯雯 (淮海工学院 海洋学院，江苏省海洋生物技术重点实验室，江苏 连云港 222005) 摘 要 ：从线粒体 DNA水平对我 国沿海西施舌进行 了遗传差异和系统发育研究，为其保护和可持续 利用提供理论依据。对 4个不 同地理群体西施舌 Cytb基因片段进行 了扩增、测序 ，利用 MEGA4．1进 行序列比对分析，以文蛤和中华文蛤为外类群，构建系统进化树。结果获得 394bp的Cytb基因片段， 其 T、C、A、G含量分别为 38．4 、16．9 、23．6 、21．1％，A+T含量 明显高于G+C含量 。在 394bp 比对位点中，有 318个保守碱基 ，76个变异位点。其中，7O个简约信息位点。长乐与其他 3个群体之 间的遗传距离为 0．194~0．209。氨基酸序列比对结果显示长乐群体与 3个非长乐群体有 7个位点的 氨基酸差异，遗传距离为 0．053。由此可见长乐群体是一个具有明显分子遗传特征的独立群体。 关键词 ：西施舌 ；Cytb；遗传差异 中图分类号 ：Q786 文献标识码 ：A 文章编号 ：1003一儿 ll(2010)09—0537—06 西施舌 (Coelomactraantiquata)属双壳纲 、帘 1．2 试验试剂及仪器 蛤 目、蛤蜊科 、腔蛤蜊属 ，分布于 日本 、韩 国、朝鲜和 主要试剂 ：SDS裂解液 (100mmol／LTris—C1，5 中国沿海地区及印度半岛，在我国的辽宁、山东、江 mmol／LEDTA，500mmol／LNaCl，1 SDS，pH 苏、福建、广东、广西沿海均有分布。近年来 ，由于 7．5)，酚 ：氯仿 ：异戊醇 (25：24：1)混合液，PK 人类竭泽而渔的行为，西施舌 的 自然资源遭到 了严 蛋白酶 ，TE贮液 (10mmol／LTris-C1，1mmol／L 重的破坏[1]。西施舌种质资源 的管理急需其遗传 EDTA)，Taq聚合酶等 ，所用试剂均为国产分析纯 。 学资料 。有关西施舌遗传结构及群体遗传 多差异 主要仪器 ：EppendorfCentrifuge5417R(德国 的研究已有报道[2-6]，但 尚不能反映中国西施舌群 艾本德公司)高速冷冻离心机 ，ChemiDocXRS凝 体遗传状况全貌，需要更多的分子生物学标记研究 胶成像系统 (美 国Bio—Rad公司)伯乐，BIO-RAD 结果给以补充 。线粒体 DNA分子结构简单 ，母系 PCR仪 (美国Bio—Rad公司)。 遗传 ，进化速率快 ，解析能力强，检测方便 。其 中线 1．3 试验方法 粒体Cytb基 因被广泛地用于动物遗传变异和系统 基因组 DNA提取采用张波等 [7]的DNA 提取 发育研究。但在海产双壳贝类 的遗传差异分析 中 方法 。 应用较少。为此，笔者研究分析 了辽宁大连、江苏 PCR体系 ：10×buffer和 Mg。 (25mmol／L) 启东、福建长乐和广西北海 4个地理群体西施舌 各 2．5 l，dNTP1．0 1(10mmol／L)，上下游引物 Cytb基 因片段核苷酸及其编码 的氨基酸序列差 各 0．8 l(10nmol／L)，模板量 0．5 l(约 50ng基 异 ，旨在了解不同地理群体西施舌 Cytb基 因的遗 因组 DNA)，TaqDNA 聚合酶 0．4 1(2U)，加 传特