我国3个地方品种鸭线粒体DNACOI基因的DNA条形码初步分析.pdfVIP

畜牧与兽医 2008年 第40卷 第 11期 ≥莹 i。i 《i繁 殖_ 我国3个地方品种鸭线粒体 DNACOI ji r要 |r：毒l申-一： 基因的DNA条形码初步分析 。。 叠 譬叠。 -一 j 《 口 徐向明 (江苏畜牧兽医职业技术学院，江苏 泰州 225300) 摘要：以我国3个地方品种鸭为研究对象，测定线粒体细胞色素氧化酶亚基I (c0I)基因部分序列，序列用ClustalX软件对准，用DNAsp软 件分析SNP位点。结果表明：3个地方品种鸭线粒体COI基因序列共发现 12个突变位点，产生 13种单倍型，其中9种单倍型为3个鸭品种所特 有；品种平均多态性与核苷酸多态分别为0．68％和2．15％，3个鸭品种均有其特异位点。 关键词 ：地方鸭；品种；c0I基因；序列分析 中图分类号：$834 文献标识码：A 文章编号 ：0529-5130(2008)l1—0051-03 分类学是一门传统的学科，主要依靠生物的表型 随着分子生物学技术的不断发展，微卫星标记在 及解剖特征等进行分类。这种方法有许多缺陷，其鉴 群体遗传多样性研究、连锁分析和基因组定位方面发 定周期长、受环境影响大，尤其是分类人员的主观性 挥了越来越重要的作用…。微卫星 (microsatellite) 会影响鉴定的准确性。同时作为一个家畜品种，它的 又称为简单序列重复 (simplesequencerepeat，SSR)， 稳定不变是相对的，因此，保护濒临灭绝的物种，推 琼脂糖、dNTPs、TaqDNA酶、Marker等均购 自上海 进新品种的培育、审定，解决产权纠纷均需要更可靠 宝生物工程公司。 的方法。Herbet提出了一个全新的分类方法 一DNA 1．2 基因组 DNA提取、PCR扩增及序列测定 Barcodes，即基因条码技术。它利用线粒体细胞色素 基因组 DNA提取采用标准酚．氯仿法。应用 C氧化酶 I基因 (cytochromeoxidasesubunit1，COI DNAStar和Primer基因分析软件，参照鸭线粒体全基 基因)来标记物种 ¨ J，相对于其他标记基因，CO 因组序列 (GenBankNo．EU755252)，在 COI基因 I具有相对保守性、变异序列长以及可通过通用引物 序列侧翼 tRNA保守区设计一对引物。上游引物为： 扩增等特点。目前已经建立了世界性的物种鉴定组 5一AGCAAGCTTGCCCGTGACCTT-3，下游引物为 织，http：／／ ：垒 g堡：垡。 5一ACGGAATTCCCTGTTAGTCCTCCG．3。然后根 国家水禽种质资源基因库 (泰州)主要收集长 据鸭DNAbarcode区域序列 (GenBankNo．DQ434286 江流域及华南地区列入品种志及部分濒临灭绝的水禽 ～ DQ434291)，再设计一对嵌套引物。上游引物为： 品种。对所有的水禽品种建立基因条码数据库是基因 5 一 G GA4 肌 G CAGCACT CAG CCT C 库建设的目标之一。国际上主要利用基因条码进行蝶 3；下游引物为5一GGGGGATCCGGTGGCCGAAGA 类、鸟类、鱼类等脊椎动物鉴定，国内研究也仅限于 ATCA ATA 一3 。 鸡、虾等_6J。本研究以3个地方品种鸭为材料，测 PCR反应体积为25 L，其中基因组DNA约 100 定COI基因部分序列，作为DNA条码进行品种的鉴 ng，引物、dNTPs、MgC12终浓度分别为0．50txmol· 定，评估地理种群间及种群内变异程度，为家鸭品种 L～、200 m01．L～、2．0