序列比对与数据库有哪些信誉好的足球投注网站.pptVIP

第四章 序列比较与数据库有哪些信誉好的足球投注网站 第一节 序 列 比 对 序列比较的根本任务是： 寻找序列之间的相似性 辨别序列之间的差异 是进行序列相似性与同源性分析的一种研究方法 目的： 相似序列 ? 相似的结构，相似的功能 判别序列之间的同源性 推测序列之间的进化关系 1. 序列的相似性与同源性 同源（homology）- 具有共同的祖先, 趋异进化。 直系（向）同源（Orthologous ） 基因功能相同，出现在不同物种 旁系（共生）同源（paralogous ） 在同一基因组，功能不同 相似（similarity） — 同源序列一般是相似的 — 相似序列不一定是同源的 — 进化趋同（同功能） 定性的描述 定量的数值 相似度 距离 序列比较的基本操作是比对（Alignment） 两个序列的比对是寻找这两个序列中各个字符的一种一一对应关系，或字符的对比排列 。分析序列同源性和相似性的过程。 序列比较可以分为四种基本情况：（1）两条长度相近的序列相似  ?找出序列的差别（2）判断一条序列的前缀与另一条序列的后缀相似（3）判断一条序列是否是另一条序列的子序列（4）判断两条序列中是否有非常相似的子序列 1.5 序列比对的实施方法1.5.1 距离的编辑与计算 两条序列的相似程度的定量计算 相似度：其值越大，序列越相似 距离：距离越大，序列的相似度就越小 1.5.4 序列两两比对 序列两两比对（Pairwise Sequence Alignment） 按字符位置重组两个序列，使得两个序列达到一样的长度。 例如： s: AGCACACA t: ACACACTA cost=2 s: AGCACAC?A t: A?CACACTA score (s，t）= 5 序列比对的目的是寻找一个得分最大（或代价最小）的比对。 1.5.5 打分矩阵（Weight Matrices） （1）核酸打分矩阵 设DNA序列的字母表为? = { A，C，G，T } a. 等价矩阵 b. BLAST矩阵 c. 转移矩阵（transition，transversion） （嘌呤：腺嘌呤A，鸟嘌呤G；嘧啶：胞嘧啶C，胸腺嘧啶T） （2）蛋白质打分矩阵 等价矩阵 氨基酸突变代价矩阵GCM 疏水矩阵 PAM矩阵（Point Accepted Mutation） BLOSUM矩阵（Blocks Amino Acid Substitution Matrices） 第二节 序列两两比对 1、子序列与完整序列的比对（局部比对） ----AGCT---- ATGCAGCTGCTT 目标：？ 使序列最大匹配，不计前缀的得分, 也不计删除后缀的得分 序列S: - - - - AGCT - - - - 序列t: ATGCAGCTGCTT 2、准全局比较 准全局比较：在评价序列比对时不计终端“空缺”（end space，或空位）的得分或代价 3、连续空位 K 阶空位 — K个连续的空位字符 “-” ATG-A-T-C-A-G ATG-----ATCAG ATGCAGTGCAATG ATGTTTTTATCAG 空位罚分 生物学意义 “插入” 或“删除” 突变 突变次数 连续空位可能对应于一次突变 非连续空位对应于 多次突变 第三节 序列多重比对 1、SP（Sum-of-Pairs）模型 2、多重比对的动态规划算法 3、 计算方法的优化 4、星形比对 星形比对的基本思想是： 在给定的若干序列中，选择核心序列，通过该序列与其它序列的两两比对形成所有序列的多重比对，并使得所有多重比对在核心序列和任何一个其它序列方向的投影是最优的两两比对。 利用标准的动态规划方法求出最优两两比对 将这些两两比对聚集起来 并采用“只要是空白，则永远是空白”的原则。 使用最广泛的多重序列比对程序是ClustalW ClustalW是一种渐进的比对方法，先将多个序列进行两两比对，基于这些比较，计算得到一个距离矩阵，该矩阵反映了每对序列的关系 利用保守序列或者特征统计图，可以判断一个序列是否满足一定的特征 一条序列与特征统计图相对照，如果代价值小，说明该序列具有相应的特征，否则该序列不具备相应的特征。 第四节 数据库有哪些信誉好的足球投注网站 数据库使用 关键字查询 目标有哪些信誉好的足球投注网站 序列有哪些信誉好的足球投注网站问题 有哪些信誉好的足球投注网站效率 标准算法 — O(n2) 最流行的序列数据库快速有哪些信誉好的足球投注网站程序 BLAST FastA 2. BLAST BLAST 基本局部对比排列有哪些信誉好的足球投注网站工具（Basic Local Alignment Search Tool）。 研制BLAST的最初目