烟草橙蛋白基因的克隆与生物信息学分析.pdfVIP

烟草科技 ／TobaccoScience＆Technology 烟草农学 ／Tobacco Agronomy 2012年 第 4期 (总第 297期 ) 烟草橙蛋 白基因的克隆与生物信息学分析 日 波 ’，卢 坤 ，丁福章 ，刘小容 ，胡重怡 ，潘文杰 1．贵州省烟草科学研究所，贵阳市金阳区云潭北路 550081 2．西南大学农学与生物科技学院，重庆市北碚 区天生路2号 400715 摘要：为了获得烟草 OR(NtOR)基 因的全长序列和进一步揭示其在特 色烟叶形成 中的作用，采用同源克 隆法从烟草 品种 K326中克隆 了NtOR的全长cDNA和基 因组 DNA序列 ，GenBank登 录号为JN379458和 JN375578。生物信息学分析表 明，NtOR基 因组DNA全长 5027bp，cDNA为 1188bp，编码 317个氨基酸残 基 。NtOR蛋 白具有 2个跨膜域 、1个信号肽剪切位点、5个糖基化位点和 11个磷酸激酶修饰位点，二级结 构包含 12个 一螺旋和20个／3一折叠 ，亚细胞定位于质膜上。系统进化与BLAST分析表 明，NtOR是 SIOR和 ViOR的垂直 同源基 因。GENEvEsTIGAT0R数据库 的芯片结果显示 ，NtOR基 因在子叶中的表达量最高， 其次是成熟叶片、幼茎和花，其他组织器官的表达相对较弱。 关键词：烟草 ；橙蛋 白基因；克隆；生物信息学 中图分类号：Q785 文献标识码 ：A 文章编号 ：1002—0861(2012)04—0060—07 CloningandBioinformaticsAnalysisofOrangeProtein(OR)Genefrom Nicotianatabacum LEIBo(1)，LUKun(2)，DINGFuzhang(1)，LIUXiaorong(2)，HUZhongyi(1)，andPANWenjie(1) 1．Guizhou TobaccoResearchInstitute，Guiyang 550081，China 2．CollegeofAgronomyandBiotechnologyofSouthwestUniversity，Chongqing400715，China Abstract：Inordertoobtainthefull-length sequenceofNtOR andrevealitsbiologicalfunction，thefull-length cDNA and genomicDNA sequencesofNtOR were cloned from CV．K326usinghomologouscloningmethod， andloggedinGenBank (accessionnumbersJN379458andJN375578)．Theresultsofbioinformaticsanalysis showed thatthefull-length ofgenomicDNA and cDNA were 5027bp and 1188bp，encoding 317amino acid residues．NtOR possessed2 transmembrane domains，1signalpeptidecleavagesite，5 glycosylation sitesand l1 phosphorylati0n sites，and thesecondary structurewasmainlycomposedof 12 一helicesand 20 ／3一sheets， subcellularlocatedonplasmamembrane．Thephylogeneticand BLAST analysesindicatedthatNtOR wasthe orthologousgene ofSIOR and ViOR．Microarray results in GENEVESTIGATOR databaserevealed thatNtOR wasexpressed atthehighestlevelin cotyledon，followedbymature leaf,young shootand flower，ratherweak inothertissuesandorgans． Keywords：Tobacco；Orangeproteingene；Cloning；Bioinformatics 基金项 目：贵州省科学技术基金项 目(黔科合 J字 [2010]2088号) 烟