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实习三芯片的基本数据处理和分析 ;实习一;实习内容：;芯片数据分析的一般流程：;A package of Open Source software programs for Microarray analysis ;;什么是区块（block）？;;MEV文件：MEV格式的芯片数据;UID: Unique identifier for this spot. IA: Integrated intensity for channel 1 (Cy3). IB: Integrated intensity for channel 2 (Cy5). R: Row (slide_row). C: Column (slide column). MR: Meta-row (block row). MC: Meta-column (block column). SR: Sub-row (row in block). SC: Sub-column (column in block). FlagA: TIGR SpotFinder flag value for channel 1. FlagB: TIGR SpotFinder flag value for channel 2. BkgA: Background intensity for channel 1. BkgB: Background intensity for channel 2. SAA: Spot area for channel 1. SAB: Spot area for channel 2. MedA: Median Intensity for channel 1 (Cy3). MedB: Median Intensity for channel 2 (Cy5).;Flags in Mev file:;MEV注释文件（后缀名为.ann）;GenePix格式（.gpr）;Agilent 格式 （.txt）：;;Express Converter主界面：;ExpressConverter使用方法：;input;课堂练习;MIDAS: 数据基本处理;低质量数据过滤;芯片内的数据标准化（Normalization）;区块间均一化处理;MIDAS程序界面;MIDAS 可选的数据处理方法;用MIDAS处理单张双色芯片的基本流程;Step 1：芯片数据的读入;Step 2：低质量数据的过滤;Step 3：标准化（包括区块间的均一化）;Step 4：结果文件的输出;结果文件（夹）;;MIDAS统计作图（MIDAS Investigation窗口查看）;课堂练习;多样本芯片实验;多样本实验的两种常用分析;下载地址：/mev.html 。 此程序不用安装下载后解压就可以使用（需要先安装Java） 进入软件所在的文件夹（免安装），双击打开TMEV.bat文件，会出现后台运行窗口和图形界面窗口。;MeV 4.3程序主界面;MeV 4.3支持的文件格式;专题一 表格格式数据的读入与转化;专题一 表格格式数据的读入与转化;②;⑤;;不同颜色表示相对表达量;专题二 系统聚类法对基因和样本聚类;聚类分析结果图：;存储和注释感兴趣的分类：;敖旱颧嘻抛棚拼盎尝乍札骑浩焙碧獭关来峦牺擦米跨尸市埃均埃腿盏蔽鸳实习3芯片基本数据处理和分析培训班课件;专题三 使用SAM查找差异表达基因;不同实验类型;⑤;Sam结果：Expression Images;Sam结果：Centroid Graphs;Sam结果：Expression Graphs;Sam结果：Table Views;如何进一步学习使用MeV;② 查阅软件的使用手册(Manual);③ 前往TM4主页查阅必威体育精装版信息和软件更新;课堂练习;GenMAPP一款将芯片数据和代谢途径结合起来的图形化显示工具;下载地址： /download.asp； 双击安装文件安装GenMAPP； 打开GenMAPP程序，从菜单“Data→Download Data from GenMAPP.org”下载自己感兴趣物种的MAPP文件和Gene Database。 ;GenMAPP基本概念;ID System (Species);Step 1：打开“GenMAPP 2”程序。选择菜单“Data→Choose Gene Database”按照实验物种选择合适的基因库。;Step 2：从菜单“File→Open”打开自己感兴趣的MAPP文件。 ;Step 3：从菜单“Data →Choose Expression Dataset”打开表达量文件（.gex）并选择相应的颜色集。;Step 4: 点击感兴趣的基因查看注释;如何制作.gex表达量文件？;2. 将Excel另存