从初步连锁图中定位与莫莉鱼背鳍相关的数量性状基因座.docxVIP

从初步连锁图中定位与莫莉鱼背鳍相关的数量性状基因座摘要：初步连锁图谱，通过应用使用剑尾鱼和孔雀鱼的观赏鱼，孔雀鱼莫莉开发的微卫星（SSR）标记回交和测交策略构建。连锁图由4个连锁群组成，跨越了516.1cM，具有18个SSR基因座。 以随机方式测试基因型和表型之间的关联，并且发现背鳍长度的QTL与连锁基团2上的基因座Msb069相连。同时，基因座Msb069也被报道为含有SSRs重复基序的推定同源引物对，其编码hSMP- 1可能是性别决定位点。 背鳍长度特别是在Poecilia latipinna的雄性求爱的重要特征。 因此，我们推测背鳍长度和推定的hSMP-1基因形成于雄性性征相关。说明莫利鱼属于Poecilia，亚属Mollienesia（sensu Miller，1975），是在马来西亚培育的观赏鱼种。根据Ptacek和Breden（1998），这种鱼类可以根据形态和行为差异分为两个主要的复合体，即Poecilia sphenops和Poecilia latipinna。前复合体中的鱼具有短背鳍，而后者具有长的帆状背鳍。背鳍长度是莫里斯鱼，特别是在莫莉鱼的雄性中的重要特征。 P. latipinna的雄性以其独特的放大背鳍而闻名，类似于风扇，并且是在求偶展示期间的重要特征（Ptacek，2002）。爱显示是仅由莫莉鱼的雄性进行的交配行为，并且这种尝试旨在吸引潜在伴侣的注意。 除此之外，背鳍是形态特征之一，确定其交易价格和质量。 其他鱼类性状，如黑色素模式，尾鳍类型和身体颜色也是交易的主要价格决定因素。此外，这些性状中的大多数是定量遗传的。 然而，很少有人关注定量遗传性状的遗传结构。 虽然鱼类几乎占地球上脊椎动物物种的一半（Nelson，2006），但迄今为止对少于30种养殖鱼类的数量性状位点（QTL）进行了研究（Wang et al。，2011）。因此，本研究的目的是：一.初步构建连锁图谱；二.利用图谱对莫莉鱼的经济性状进行定位。材料和方法2.1 图谱交叉本研究中使用的家长种群来自美国，但在马来西亚的马来西亚当地培养了15年。 第一代杂交体由P. latipinna和P.sphenops产生。 通过使6个F1雌性杂种与复发的雄性（n = 6;源自1个系谱的BC1-A杂种）和具有复发雌性（n = 50;源自1个系谱的BC1-B杂种）的雄性F1杂种杂交而产生杂交杂交体。 通过将雄性F1杂交体与遗传上不相关的雌性P.sphenops（n = 21;源自1个谱系的F2-1杂交体）杂交产生杂交杂交体。将来自两个回交和测交的所有77个子代基因分型并合并分析。 自2009年10月中旬以来，所有的养殖试验和鱼种的保持在Puchong大学的水产养殖研究中心进行。2.2基因分型根据方法提取新鲜鳍条DNA，使用两套SSR.第一组包括由Walter等人为Xiphophorus开发的123个SSRs引物对 （2004），并从（Xiphophorus Microsatellite Loci Database，而第二组包含由Watanabe等人设计的19个SSR引物对 （2003）为Poecilia reticulata。这些选择的SSR引物对能够在两种不同但密切相关的物种上交叉扩增，并且成功地定位在它们各自的连锁图谱中。将PCR反应缩小到10ul。PCR程序为95℃预变性2min，95℃变性1min，55℃退火1min，72℃延伸1min，跑35个循环最后72℃延伸5min。2.3性状表型评价了四个主要表型性状，即背鳍长度，黑素细胞模式，尾鳍类型（圆形和菱形）和身体颜色类型（有色和黑色）。 背鳍长度使用游标卡尺从背鳍的前部至后部基部测量到最接近的mm。 检查黑素细胞模式，尾鳍和体颜色类型的性状，并记录为标称数据（1表示存在，0表示不存在）。2.4连锁和QTL分析利用MapManager QTX构建连锁图，随后的基因座以增加的重组频率的顺序加入。 使用Qgene 4.0软件（Joehanes和Nelson，2008）在2.0和3.0之间的LOD分数进行QTL作图中基因型 - 表型的所有估计。 简单间期映射（SIM）用于测试基因型表型的背鳍长度的关联。使用MINGLE对具有两个类别的标称数据，例如黑素细胞模式，尾鳍类型和体颜色类型的表型性状进行分析。3结果3.1图谱统计学和推定的同源基因序列多态性的评估一共142对引物进行扩增，其中有95对引物显示跨物种扩增，在95个SSR中，当对父母和F1杂种进行基因分型时，仅29个SSR基因座是多态性的。 多态SSR基因座扩增产物大小范围为100bp至300bp之间的等位基因。 在29个SSR基因座中，只有18个是信息性的，并且显示它们之间的连锁。这18个SSR基因座分布在四个连锁群中，覆盖图的大小为516.1cM