大豆Glyma08g02580及其同源蛋白的生物信息学分析.docVIP

  大豆 Glyma08g02580 及其同源蛋白的生物 信息学分析# 刘冬冬，王洋，柏锡** 5 10 15 20 25 30 35 （东北农业大学 生命科学学院，哈尔滨市，150030） 摘要：WRKY 蛋白是一个植物特有的转录因子，最古老的 WRKY 转录因子具有 2 个高度保 守的 WRKY 结构域，大概起源于 15-20 亿年前的真核生物。虽然所有的 WRKY 蛋白质主要 通过特异地结合靶基因启动子区域的 W 盒序列而调控其表达，但各家族成员的生物学功能 存在着各自的特异性。本文通过生物信息学方法，结合大豆基因组数据库及高等植物基因组 注释数据库和 NCBI 等相关数据库，识别、筛选并获得了大豆 WRKY 基因家族的蛋白序 列，以实验室前期克隆得到大豆基因 Glyma08g02580.1 为目的基因，分析其在拟南芥、水稻 等高等植物中的同源蛋白，并对其进行了系统进化分析；同时利用 GEO 的芯片数据对大豆 在碱胁迫下的根和叶基因表达谱进行了分析，通过相关分析，获得了大豆基因组中全部的 WRKY 蛋白及对应的分类结果，由表达谱分析结果进一步证明了 WRKY 基因表达的组织特异 性，从而为大豆 WRKY 基因家族的进一步功能分析奠定了重要的研究基础。 关键词：WRKY；转录因子；生物信息学；‘系统进化分析；基因表达谱 中图分类号：Q94-336 Bioinformatics Analysis of Transcription factor Glyma08g02580 and its homology proteins LiuDongdong, WangYang, BaiXi (Northeast Agricultural University,College of Life Science，Harbin，150030) Abstract: Genes containing the WRKY domain are plant-specific transcriptional regulators and are expressed in various developmental stages and tissuses. The most archaic WRKY transcription factors, which may originate some 1.5-2 billion years ago in eukaryotes,contain two highly conserved WRKY domain. Althogh all WRKY proteins regulate mainly the expression of target genes by specifically binding to the (T)(T)GACC(A/T) (W box) sequences of their promoter,the biological function of each member is specific. In the study,we performed a bioinformatics analysis of WRKY family genes in Glycine max. Based on bioinformatics methods, taking advantage of soybean database combined with public database (NCBI，TIGR，TAIR)，we identified 196 WRKY protein from soybean genome and download gene expression profile from GEO database. Meanwhile, we identified 197 homology protiens of Glyma08g02580.1 in other plants, such as Arabidopsis ,Oryza sativa.We analyzed the phylogenetic of 197 WRKY family protein sequence and domain characteristics.The results of this investigation could be definitely provide a significant foundation for further research on function analysis of Glycine max WRKY gene family. Key words: WRKY ;truans