基于表观基因组学数据分析阿尔茨海默病中差异基因表达的研究.pdfVIP

1344ChinJLabDiagnvember,2024,Vol28,No.1l

文章编号：1007—4287（2024)11—1344—07

基于表观基因组学数据分析阿尔茨海默病中

差异基因表达的研究

于倩1，赵琳琳1，任彦学，何敏，汪煜楠，黄山?，张惊宇1*

（1.哈尔滨医科大学附属第四医院神经内科，黑龙江哈尔滨150001；

2.哈尔滨医科大学附属第二医院神经内科，黑龙江哈尔滨150086）

摘要：目的利用表观基因组学数据探究阿尔茨海默病（Alzheimersdisease，AD)中差异基因的表达。方法从

GEO(geneexpressionomnibus，GEO）数据库中下载mRNA表达微阵列数据集GSE1297和GSE4757，以及DNA甲

基化45oK芯片数据集GSE125895，利用Bioconductor包进行数据预处理，使用R中的limma包筛选出差异表达基

因（differentiallyexpressedgenes，DEGs）和差异甲基化基因（differentiallymethylatedgenes,DMGs）。利用jvenn在线

软件从DEGs和DMGs中识别重叠基因，对DEGs和DMGs进行基因本体论（geneontology，GO）和京都基因与基因

组百科全书（Kyotoencyclopediaofgenesandgenomes，KEGG）富集分析。利用数据库BioGRID和Reactome构建

DEGs和DMGs的蛋白质互作网络。利用受试者工作（receiveroperatingcharacteristic，ROC）曲线验证DEGs和

DMGs的诊断效能。结果通过对数据集GSE4757和GSE1297的DEGs取交集得到178个关键的DEGs，在DNA

甲基化芯片数据集GSE125895中识别出59个DMGs；通过对DEGs和DMGs的重叠得到17个低甲基化高表达的基

因主要富集在干扰素信号通路和白细胞激活的调节通路上；利用统计学分析及绘制ROC曲线，最终筛选出5个低

甲基化高表达的基因HLA-DPB1、MYT1L、PARP12、REPIN1、CHL1对AD的诊断效能更高。结论AD中表观遗

传修饰的异常改变影响了基因的表达，其中低甲基化高表达的基因HLA-DPB1、MYT1L、PARP12、REPIN1、CHL1

可能与AD的发病相关，干扰素信号通路可能参与AD的发病机制。

关键词：阿尔茨海默病；DNA甲基化；基因表达；发病机制

中图分类号：R741.05文献标识码：A

ResearchondifferentialgeneexpressioninAlzheimersdiseasebasedonepigenomicdataanalysisYUQianl,ZHAO

Linlin,RENYanzue,HEMin,WANGYunan,HUANGShan’,ZHANGJingyul*.(1.DepartmentofNeurol-

ogy,theFourthAffiliatedHospitalofHarbinMedicalUniversity,Harbin15o001,China;2.DepartmentofNeurol-

ogy,theSecondAffiliatedHospitalofHarbinMedicalUniversity,Harbin150086,China)

*Correspondingauthor

Abstract:ObjectiveToexploredifferentialgeneexpressioninAlzheimersdisease(AD)usingepigenomicdata.

MethodsDownloadmRNAexpressionmicroar