广东含笑和诗琳通含笑叶绿体基因组结构及系统发育分析.pdfVIP

第卷第期南京林业大学学报（自然科学版），

４９１Ｖｏｌ．４９Ｎｏ．１

年月，

２０２５１ＪｏｕｒｎａｌｏｆＮａｎｊｉｎｇＦｏｒｅｓｔｒｙＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓＥｄｉｔｉｏｎＪａｎ．２０２５

（）

广东含笑和诗琳通含笑叶绿体基因组结构及

系统发育分析



邓演文，田淑意，刘世晗，梁建，陶家璐，邓小梅

（广东省森林植物种质创新与利用重点实验室，华南农业大学林学与风景园林学院，广东广州５１０６４２）

摘要：【目的】研究广东含笑（Ｍｉｃｈｅｌｉａｇｕａｎｇｄｏｎｇｅｎｓｉｓ）和诗琳通含笑（Ｍ．ｓｉｒｉｎｄｈｏｒｎｉａｅ）的叶绿体全基因组序列，并

对５５种木兰科植物进行系统发育分析，为木兰科植物分类及广东含笑、诗琳通含笑遗传资源保护研究提供参

考。【方法】使用高通量测序技术对广东含笑和诗琳通含笑进行叶绿体全基因组测序，获得测序结果后使用

ＳＯＡＰｎｕｋｅ１．３．０ＳＰＡｄｅｓ３．１０．１ＧｅＳｅｑ

和进行组装，使用进行基因注释，最终获得广东含笑、诗琳通含笑叶绿体

基因组序列完整的注释。注释的序列提交至ＧｅｎＢａｎｋ，广东含笑和诗琳通含笑获得的登录号分别是ＭＴ８００９３８、

ＭＴ７８７６６７０ＣｈｌｏｒｏｐｌｏｔＧｅｎｅｉｏｕｓ７．１．４ＧＣ

根据注释结果，使用绘制叶绿体基因组结构图，用软件计算含量，使用

ＭＥＧＡ７．０．２６检测出相对同义密码子使用频率，运用ｍＶＩＳＴＡ在线软件比较叶绿体基因组序列变异，借助ＤｎａＳＰ

研究基因选择压力，并基于个木兰科叶绿体基因组中的蛋白质编码基因（，），

６．１２．０３５５ｐｒｏｔｅｉｎｃｏｄｉｎｇｇｅｎｅＰＣＧ

使用构建了系统发育树。【结果】广东含笑、诗琳通含笑的叶绿体基因组全长分别是和

ＲＡｘＭＬ１６０１４２１６０１０９

ｂｐ，大单拷贝区（ｌａｒｇｅｓｉｎｇｌｅｃｏｐｙｒｅｇｉｏｎ，ＬＳＣ）长度分别为８８１７０和８８１３７ｂｐ，小单拷贝区（ｓｍａｌｌｓｉｎｇｌｅｃｏｐｙｒｅ

，）长度分别为和，反向重复区（，）长度分别为和。

ｇｉｏｎＳＳＣ１８８２２１８８１０ｂｐｉｎｖｅｒｔｅｄｒｅｐｅａｔＩＲ２６５７５２６５８１ｂｐ