基因组学时代的血液病精准诊疗和数字化认知 北京陆道培血液病研究院 陆道培医院 病理和检验医学科 刘红星.pptxVIP

基因组学时代的血液病精准诊疗和数字化认知北京陆道培血液病研究院；陆道培医院 病理和检验医学科 刘红星2 0 1 9 . 7 . 2 7 @ 济 南 单位点、单基因；基因Panel检测；多态性、变异、定量分析转录组（WTS）约21000多个基因表达（定量）、mRNA结构变异分析外显子组（WES）全基因组（WGS）约基因组的2%，约2.1万个基因编码区及临近序列，少部分深内含子或非编码区序列100×，500×；可分析SNV、剪接位点变异、INDEL、CNV等全部基因组序列，约30亿碱基；30×，10×，3×；可分析SNV、剪接位点变异、INDEL、CNV、结构变异等 WHO2016版血液肿瘤分类标准中的基因融合/异位BIRC3-MALT1ITK-SYKABL1-translocationsABL2-translocationsALK-translocationsMYC-translocationsCBFA2T3-GLIS2 KAT6A-CREBBPNTRK3-translocationsNPM-rearrangementNUP98-rearrangmentPDCD1LG2 translocationsPDGFRA-rearrangementPDGFRB-rearrangementRARA-rearrangementRUNX-rearrangementTBL1XR1-translocationsTCF3-rearrangmentCBFB-MYH11MNX1-ETV6CTLA-CD28DEK-NUP214DUSP22-IRF4MYB-GATA1PICALM-MLLT10RBM15-MKL1BCL6-translocationsCD274-translocationsCRLF2-rearrangementsCSF1R-translocationsEPOR-translocationsFGFR1-rearrangementIGH-translocationsGATA2, MECOM STIL-TAL1共14种JAK2-translocationsKMT2A-translocationsTYK2-translocations共24个家族，具体列出了96种融合/异位 融合基因的长尾现象frequenciesof positivefusiongenes00.020.040.060.080.10.120.140.16RUNX1-RUNX1T1PML-RARA15.06%7.53%CBFB-MYH11KMT2A-PTD5.04%4.91%KMT2A-MLLT3FUS-ERG2.04%1.56%1.34%KMT2A-MLLT10KMT2A-MLLT4DEK-NUP214KMT2A-ELL1.21%0.96%0.80%KMT2A-MLLT11SET-NUP214KMT2A-AFF1KMT2A-MLLT6KMT2A-MLLT10.26%0.22%0.10%0.06%0.06%NUP98-HOXA9 0.06%BCR-ABL1 0.06%NPM1-MLF1 0.03%NPM1-RARA 0.03%NUP98-HOXD13 0.03%ZBTB16-RARA 0.03%RPN1-MECOM 0.03%STIL-TAL1 0.03% 融合基因家族 - Fusion Family 概念的提出Advances in Fusion Gene Research and Fusion Gene Families in Hematological Malignancies.Xue Chen, Fang Wang, Tong Wang, Lili Yuan, Hongxing Liu. Int J Med Rev. 2019;6(2):45-50. 如何有效鉴定单个少见但总数并不少见的融合基因？RNAseq/WGS是鉴定少见融合/异位的通用和有效方法Gene fusion networks in AML. The emerging complexity of gene fusions in cancer.Nat Rev Cancer. 2015 Jun;15(6):371-81.至2017年：Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology中记录的KMT2A（MLL）融合基因已有197种WHO2016分类标准里列出的PDGFRB融合基因；25种 WHO2016版血液肿瘤分类标准中的体细胞基因突变；共103种基因ALKBRAFCREBBPCSF3RCXCR4CYCD3DDX41DKC1DNMT3AELA2EP300ETNK1ETV6EZH2FLT3FOXO1GATA 1GATA 2GATA 3GFI1G