hiv审审1耐药基因型检测in审审house法的一致性分析以及基于重组病毒的表型检测方法的构建-consistency analysis of in - trial house method for hiv trial 1 drug resistance genotype detection and construction of phenotypic detection method based on recombinant virus.docx

华中科技大学硕士学位论文 华 中 科 技 大 学 硕 士 学 位 论 文 PAGE PAGE 1 英文缩略词表 英文缩写 英文名称 中文名称 HIV-1 Human Immunodeficiency Virus type 1 人类免疫缺陷病毒1型 AIDS Acquired Immune Deficiency Syndrome 获得性免疫缺陷综合症 PR Protease 蛋白酶 RT Reverse transcriptase 逆转录酶 IN Integrase 整合酶 NRTIs Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors 核苷类逆转录酶抑制剂 NNRTIs Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors 非核苷类逆转录酶抑制剂 PIs Protease Inhibitors 蛋白酶抑制剂 HAART Highly Active Antiretroviral Therapy 高效抗逆转录病毒疗法 SGA single-genome amplification 单基因组扩增 TAMs Thymidine analogue-associated mutations 胸苷类似物耐药突变 IC50 50%Inhibitory Concentration 50%抑制浓度 TCID50 50%Tissue culture infection dose 50% 组织感染浓度 FC Fold change 倍数改变 PBMCs Peripheral blood mononuclear cells 人外周血单核细胞 PHA Phytohemagglutinin 植物血凝素 PBS Phosphate Buffered Saline 磷酸盐缓冲液 RLU Relative Luciferase Unit 相对荧光单位 IL-2 Interleukin-2 白细胞介素-2 OD Optical Density 光密度 WT Wild Type 野生型 ATV Atazanavir 硫酸阿扎那韦 NFV Nelfinavir 奈非那韦 SQV Saquinavir 沙奎那韦 TPV Tipranavir 替拉那韦 3TC Lamivudine 拉米夫定 ABC Abacavir 阿巴卡韦 AZT Zidovudine 齐多夫定 D4T Stavudine 司他夫定 DDI Didanosine 去羟肌苷 FTC Emtricitabine 恩曲他滨 TDF Tenofovir 替诺福韦 DLV Delavirdine 地拉韦定 EFV Efavirenz 依非韦仑 ETR Etravirine 依曲韦林 NVP Nevirapine 奈韦拉平 HIV-1 耐药基因型检测 in-house 法的一致性分析以及基于重 组病毒的表型检测方法的构建 摘要 由于高效抗逆转录病毒疗法在艾滋病治疗中的广泛使用，艾滋病患者的发病 率和死亡率明显下降，但是耐药性的产生成为影响抗病毒治疗效果的主要因素。 HIV 耐药性检测包括基因型耐药检测和表型耐药检测，已应用于临床治疗，用以 指导治疗方案的选择。因基因型耐药检测方法检测周期短和价格低而在临床上较 常使用，但对于治疗史复杂的患者，则需要将基因型和表型耐药检测方法的结果 结合起来分析，才可提供互补的信息。 在本研究的第一部分，为了评价本实验室自建的 HIV-1 耐药基因型检测 in-house 法的可重复性，从耐药数据库在 2008 年至 2010 年间已进行耐药检测的 样品中选取 204 份重新进行检测，对两次的耐药结果进行一致性分析。研究结果 表明，在 204 份样品中，两次检测结果对整体耐药发生的判断的一致率为 98.5% （201/204），对每种抗病毒药物的耐药发生的判断的一致率为 92.2%（188/204）， 其中有 167 份（占 81.9%）样品的两次检测结果对每种药物的耐药程度判断完全 一致。并且，对核苷类逆转录酶抑制剂（NRTIs）耐药的判断不一致要比蛋白酶 抑制剂和非核苷类逆转录酶抑制剂（NNRTIs）多。两次检测共有 159 个位点存 在不一致的耐药突变形式，在蛋白酶区第 71 位和逆转录酶区第 103 位出现频率 最高。 总之，HIV-1 耐药基因型检测 in-house 方法具有可重复性，对群体耐药发生 的判断具有良好的一致性，但在个别病例的耐药判断上也有不一致的情况。在方 法学上尤其是对混合碱基的判读还需进一步标化。由于混合碱基的判读会直接影 响耐药突变的确定，所以对检测人员的培训是非常重要的环节，检测人员需严格 控制序列的质量，并且在序列拼接和清理过程中，严格按照混合碱基的判断标准