hiv1蛋白酶与抑制剂相互作用的理论分析-theoretical analysis of interaction between hiv - 1 protease and inhibitor.docx

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2018-05-29 发布于上海
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hiv1蛋白酶与抑制剂相互作用的理论分析-theoretical analysis of interaction between hiv - 1 protease and inhibitor

目录中文摘要..........................................................................................................................................IAbstract.........................................................................................................................................Ⅳ第一章HIV-1蛋白酶(PR)与抑制剂(PIs)的相互作用概述1HIV-111.1.1HIV-1形态与结构21.1.2HIV-1的生命周期3HIV-1PR5PR的结构5PR的功能6PR的作用机制酶的作用机制...............................................................................................PR的作用机制8PIs9PIs的种类91.3.1PIs的功能111.4PR与PIs的相互作用111.4.1库仑形式的静电相互作用..................................................................................121.4.2范德华相互作用..................................................................................................121.4.3氢键相互作用......................................................................................................131.4.4疏水相互作用......................................................................................................13第二章理论与方法.....................................................................................................................152.1量子化学计算......................................................................................................152.1.1从头算法.....................................................................................................粒子坐标的初始化..........................................................................2.1重新加氢.................................................................................30.2加入中和离子.........................................................................30.3选择溶剂模型.........................................................................30.4进行能量优化.........................................................................30粒子速度的初始化..........................................................................312.3.4SHAKE算法312.4结合自由能计算..................................................................................................32FEP算法33TI算法34LIE算法34MM-PBSA方法352.5PIs和残基的相