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生物分子信息资源 人类基因组计划（HGP）产生了大量的生物分子信息，由此开启了生物分子信息挖掘和使用的热潮。 如今，生物分子信息可谓海量，能够及时有效的捕捉到这些信息成为科研工作者不可或缺的能力和素质。 NCBI的使用 NCBI的主页网址：/ NCBI中常用的如Gene、HomoloGene、EST、UniGene、BLAST等。 根据具体科研方向和内容的不同，需要的数据库也不尽相同！ UniGene介绍 UniGene是从属于GeneBank的一部分，专门收集非冗余性的基因来源的clusters数据。每一个UniGene Cluster包含代表单一基因的序列和相关的信息，例如基因表达的组织类型和图谱定位信息。 UniGene介绍 除了这些具有具有特征的序列以外，成千上万的EST也被收录在内。因此，相应的，这些收集的资源可以作为基因发现的来源。现在，许多实验室研究人员已经利用UniGene进行大规模的基因表达图谱分析，并且所有这些序列并没有被用来尝试产生Contigs或Consensus。这里存在一些原因解释为什么同属于某一基因的序列不用来产生一个单一的Contig。 GO数据库 GO：Gene Ontology（基因本体） 该数据库专于对基因功能的注释，在后基因组时代基因功能注释而产生的大量数据对科研人员来说是很重要的生物信息资源，值得深入挖掘。 AmiGo主页：/cgi-bin/amigo/search.cgi 利用这些数据我们可以做什么？ 如：MAGE-D1在四种物种中功能注释的简单分析 MEGA5构建的七个物种的进化树 Question 问题：上面的进化树构建的有意义吗？ 为什么挪威鼠和家鼠在MAGE-D1的相似度较牛和猪都小？ 验证的方法：可以通过现有数据库查询 DNAMAN比对后的结果 DNAMAN多序列比对后得到的同源性树状图 发育树——无根树 发育树——辐射状 KEGG数据库（重要） KEGG：京都基因和基因组百科全书 在这里你可以找到重要的生物代谢和疾病通路信息，包括重要的致病基因。 KEGG数据库主页：http://www.genome.jp/kegg/ 蛋白质互作信息的查询 常用的数据库：NCBI、BioGRID、HPRD（Human Protein Reference Database）等 其中BioGRID是综合性的，可以查找到物理互作和遗传互作，HPRD也是一个蛋白质的综合信息数据库 BioGRID的主页面 HPRD主页面 HPRD查询MAGED1互作信息的结果 MAGE-D1互作基因比对UPGMA N-J（邻近算法） DNAMAN同源分析结果 似乎这种分析更能说明问题 数值代表序列权重 KEGG主页面 人类疾病，点击后进入下一个页面 结肠癌 胰腺癌 神经胶质瘤 甲状腺癌 急性髓性白血病 基底细胞瘤 肾细胞癌 膀胱癌 前列腺癌 子宫内膜癌 输入查询蛋白,如MAGED1 选择物种类型 输入查询蛋白名称 * * * * * * * * * * * * * * * * * 这是NCBI中与该基因有关的链接，点击进入相关页面，如果点击EST就能进入该基因的表达序列标签内容。 这里是左侧主页面的目录链接，点击后直接进入相关页面，节省查询时间，如点击summary则显示该基因的叙述性信息，即目前信息。 图谱信息页面 这里是与该基因有关的其他数据库中的链接，体现了综合嵌入式的数据库模式，点击KEGG就进入该基因的通路信息。 同源基因序列链接 每一个UniGene Cluster包含代表单一基因的序列和相关的信息，例如基因表达的组织类型和图谱定位信息 四个物种的MAGE-D1功能注释 限制条件过滤后的结果：人类 * * * * * * * * *