反向虚拟筛选平台及应用-生物信息学.PDF

第 １３卷 第４期 生 物 信 息 学 Ｖｏｌ．１３Ｎｏ．４ 　　　　　　　　　　 ２０１５年１２月 ＣｈｉｎｅｓｅＪｏｕｒｎａｌｏｆＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｄｅｃ．２０１５ － ｄｏｉ：１０３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ２０１５．０４．０８ 反向虚拟筛选平台及应用    张　媛 ，刘雨桐 ，李　达，宋新蕊，周雪松，赵　勇 （北京市计算中心，北京 １０００９４） 摘　要：靶标确证是老药新用、药物毒副作用研究的关键。基于分子对接方法ＡｕｔｏＤｏｃｋＶｉｎａ和内部构建的疾病靶标数据库， 采用分布式架构，构建了反向虚拟筛选平台。应用该平台对药物吡斯的明进行靶标确证，最终成功找到其靶标乙酰胆碱酯 酶，验证了平台的实用性和准确性。 关键词：老药新用；毒副作用；反向虚拟筛选；ＡｕｔｏＤｏｃｋＶｉｎａ － － － 中图分类号：Ｒ９１　　文献标志码：Ａ　　文章编号２０１５）０４２５１０６ Ｒｅｖｅｒｓｅｖｉｒｔｕａｌｓｃｒｅｅｎｉｎｇｐｌａｔｆｏｒｍａｎｄｉｔｓａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ    ＺＨＡＮＧＹｕａｎ ，ＬＩＵＹｕｔｏｎｇ，ＬＩＤａ，ＳＯＮＧＸｉｎｒｕｉ，ＺＨＯＵＸｕｅｓｏｎｇ，ＺＨＡＯＹｏｎｇ （ＢｅｉｊｉｎｇＣｏｍｐｕｔｉｎｇＣｅｎｔｅｒ，Ｂｅｉｊｉｎｇ１０００９４，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｃｏｍｐｕｔｅｒｂａｓｅｄｔａｒｇｅｔｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｐｒｏｖｉｄｅｓａｕｎｉｑｕｅｔｏｏｌｆｏｒｆｉｎｄｉｎｇｎｅｗａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｏｌｄｄｒｕｇｓａｎｄ ｆｏｒｔｈｅｒｅｓｅａｒｃｈｏｎｓｉｄｅｅｆｆｅｃｔｓｏｆｄｒｕｇｔｏｘｉｃｉｔｙ．ＵｓｉｎｇｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｏｃｋｉｎｇｓｏｆｔｗａｒｅＡｕｔｏＤｏｃｋＶｉｎａａｎｄａｎｉｎｈｏｕｓｅ ｄｉｓｅａｓｅｔａｒｇｅｔｄａｔａｂａｓｅ，ｗｅｄｅｖｅｌｏｐｅｄａＲｅｖｅｒｓｅＶｉｒｔｕａｌＳｃｒｅｅｎｉｎｇｐｌａｔｆｏｒｍｔｏｉｄｅｎｔｉｆｙｐｒｏｔｅｉｎｔａｒｇｅｔｓｆｏｒｓｍａｌｌ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ．Ｔｈｅｐｌａｔｆｏｒｍｈａｓｂｅｅｎｔｅｓｔｅｄｗｉｔｈｐｙｒｉｄｏｓｔｉｇｍｉｎｅ，ａｄｒｕｇｔａｒｇｅｔｉｎｇａｃｅｔｙｌｃｈｏｌｉｎｅｓｔｅｒａｓｅ．ＴｈｉｓＲｅｖｅｒｓｅ ＶｉｒｔｕａｌＳｃｒｅｅｎｉｎｇｓｕｃｃｅｓｓｆｕｌｌｙｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄａｃｅｔｙｃｈｌｉｎｅｓｔｅｒａｓｅａｓｐｙｒｉｄｏｓｔｉｇｍｉｎｅ’ｓｔａｒｇｅｔ，ｓｈｏｗｉｎｇｉｔｓａｐｐｌｉｃａｂｉｌｉｔｙａｎｄ ａｃｃｕｒａｃｙｉｎｃｏｍｐｕｔｅｒａｓｓｉｓｔｅｄｄｒｕｇｄｅｓｉｇｎ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：Ｎｅｗａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｏｌｄｄｒｕｇ；Ｓｉｄｅｅｆｆｅｃｔｓ；Ｒｅｖｅｒｓｅｖｉｒｔｕａｌｓｃｒｅｅｎｉｎｇ；ＡｕｔｏＤｏｃｋｖｉｎａ ［２］ 　　随着计算机科学和生物信息学的迅猛发展，越 在药物靶标的技术 。对于已知药物，反向虚拟筛 来越多的生命科学数据被挖掘出来，常规药物发现 选技术可以寻找其他潜在靶标，为药物新作用研究、 过程面临投资大和回报周期长的问题，计算机模拟 药物毒副作用研究提供参考；对于活性小分子，反向 药物设计通过辅助药物发现的靶标识别与确证、先 虚拟筛选技术可以预测其潜在作用靶标，为活性化 导化合物发现与优化、临床前研究等模块