mirna-9基因家族进化分析及其靶基因预测 - 中国细胞生物学学报.pdfVIP

中国细胞生物学学报 Chinese Journal of Cell Biology 2011, 33(5): 510-519 http ://www.cj miRNA-9基因家族进化分析及其靶基因预测 罗丹丹　罗玉萍　彭　娟　李思光* 330031 (南昌大学生命科学与食品工程学院, 南昌 ) microRNAs miRNA 21~25 摘要 ( )是真核生物中一类长度约为 个核苷酸的非编码小分子 RNA miRBase mir-9 47 , 在转录后水平调控基因的表达。该文在 中有哪些信誉好的足球投注网站后生动物的 基因序列。 个 120 mir-9 mir-9 物种中共有哪些信誉好的足球投注网站到 条 基因序列, 说明 基因家族广泛存在于不同物种中。基因定位显示 86% mir-9 IGR miR-9 2 8 的 基因存在于基因间隔区( ), 多序列比对发现 基因家族成熟序列的第 位到第 14 18 mir-9b mir-9c 位碱基以及第 位到第 位碱基为保守碱基。进化分析表明 和 可能是此基因家族最 早出现的基因形式, 即祖先基因。这些祖先基因经过串联重复、大片段重复、个别碱基的缺失及 miR-9-1 miR-9-7 miRNA 突变等方式形成了脊椎动物中 至 数个基因。分别采用四个 靶基因预测软件 对mmu-miR-9的靶基因进行预测, 发现miR-9与神经系统发育、心肌系统疾病和跨膜运输系统等密 切相关。该研究为今后进一步研究miRNA调控的神经系统发生和神经细胞生长与分化的机制奠 定了基础。 关键词 miRNA-9; 进化; 靶基因 miRNAs是一类长度为20~28 nt 的非编码小分 扩散和发展[8,9], 所以, 对miR-9 的深入研究不仅利于 子RNA, 通过与靶mRNA 的互补配对而在转录后水 揭示其所介导的调控网络, 还将为人类疾病的诊断 平上负调控基因的表达[1] miRNA 和治疗提供全新的视野。本文根据miRNA 的进化 。 基因以单拷贝、 多拷贝和基因簇等多种形式存在于基因组中。成簇 保守性, 通过多序列比对及构建系统进化树的方式 基因之间有的具有同源性, 有的无同源性, 其中串联 分析mir-9基因家族的进化历史。采用TargetScan、 基因簇(tandem cluster) 中的miRNA一般呈现为协同 PicTar 、microRNA.org 和MicroCosm Targrts等四个 表达[2,3], 暗示着miRNA基因存在复杂的调控机制。 miRNA靶基因在线分析软件分析miR-9 的靶基因。 早期的研究认为miRNA基因主要存在于基因间隔 通过The Gene Ontology、Kyoto Encyclopedia of Genes 区, 但近期的研究发现大部分哺乳动物的miRNA基 and Genomes和David软件分析了靶基因的生物学功 因主要定位在转录单位(transcript uni