RT-PCR-RFLP用于麻疹病毒疫苗株和H1基因型的分析.pdfVIP

JMicrobiol ·1030· 主堡邀!￡物堂塑鱼疫堂盘盘趔!生!!旦整垫鲞筮!!塑Chinlmmunol,November2008r V01．28,No．11 ．疫苗学． RT—PCR—RFLP用于麻疹病毒疫苗株和 H1基因型的分析 刘杨 田宏 陈锦英 苏旭 杨东靖 万丽霞 雷碉 田永琴 【摘要】 目的建立RT．PCR．RFLP方法用于天津地区2002--2008年流行的麻疹野病毒基因 型研究。方法采集疑似麻疹患者的尿标本和咽拭子，传代细胞分离病毒。提取病毒液中的RNA， 用一步RT．PCR法扩增麻疹病毒核蛋白(nucleoprotein，N)基因c端594个核苷酸片段，扩增产物经 Ben I酶切后琼脂糖凝胶电泳进行限制性片段多态性分析(RFLP)，同时与序列分析进行对比验证。 根据结果构建基因系统发生树进行亲缘关系和遗传距离分析。结果2002--2008年189份标本，分 离获得69株麻疹病毒，N基因C端RT—PCR检测全部阳性，RFLP分析HIa是优势流行亚型，占 98．55％(68／69)，仅1株(I．45％)为H1b基因亚型，分型结果与序列测定完全一致。系统发生树分 析显示HIa亚型毒株分为2个亚枝，变异范围为0．2％一3．8％，存在不同病毒株引起的传播链共循 环。结论基于BenI限制性内切酶的RT—PCR．RFLP方法能够特异性区分A基因型、Hla、Hlb基因 亚型，具有快速、简便、准确和经济的优点，更适用于国内大规模麻疹病毒的监测。 【关键词】麻疹病毒；反转录．聚合酶链反应；限制性片段长度多态性分析；基因型；序列分析 formeaslesvaccinestrain virusesofHl RT-PCR-I哺LP Genotypeanalysis and稍ld—type genotypeby uU Jin—ring。SU·Xu。YANG Yue，TlANYong- Yang‘。TIANHong。CHEN Dong-jing。WA^Li—xia。LEl Basic Medical of Medical University，砌谢n30DD70，China qin．‘School Sciences，Tianjin author：CHEN Corresponding Jin-ying．Entail∥nyingchenl@163．tom ToestablishRT—PCR-RFLPmethodfor the ofwildmea- 【Abstract】objective studying genotype slesvirusstrainsisolatedfrom areafrom2002to2008．MethodsIsolationsofmeaslesviruswere Tianjin tissue fromurineandthroatswab collectedfrom cages． carriedout culturemethod specimens suspected by of terminalofthe RNAwereextractedfromthevirus 594 C specimens．Thebpfragment N(nucleoprotein) was RT．PCR．thenthePCR were withBcn on gene amplifiedbyone．step