Genome-Wide Analysis of Histone Modifications： H3K4me2, H3K4me3, H3K9ac, and H3K27ac in Oryza sativa L. Japonica.pdfVIP

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2017-07-22 发布于上海
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Genome-Wide Analysis of Histone Modifications： H3K4me2, H3K4me3, H3K9ac, and H3K27ac in Oryza sativa L. Japonica.pdf

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Genome-Wide Analysis of Histone Modifications： H3K4me2, H3K4me3, H3K9ac, and H3K27ac in Oryza sativa L. Japonica

MolecularPlant ·Volume6 ·Num ber5 ·Pages1463—1472 ·Septem ber2013 RESEARCHARTICLE Genome—W ideAnalysisofHistoneMOdificatiOns： H3K4me2，H3K4me3，H3K9ac，andH3K27acin ZhouDu，，。，HuiLi，，QiangWei。，，XinZhao，ChunchaoWang，QilinZhu，XinYi。，WenyingXu， X．ShirleyLiur-，WeiweiJin一’andZhenSu。，’ aStateKeyLaboratoryofPlantPhysiologyandBiochemistry,CollegeofBiologicalSciences，ChinaAgriculturalUniversity,Beijing100193，China bNationalMaizeImprovementCenterofChina KeyLaboratory ofBiologyandGeneticImprovementofMaize，M inistryofAgriculture，ChinaAgricultura University,Beijing100193，China cDepartmentofBiostatisticsandComputationalBiology,Dana-FarberCancerInstituteandHarvardSchoolofPublicHealth，450BrooklineAve．Boston． MA 02215．USA ABSTRACT While previousstudieshaveshownthathistonem0dificationscould influenceplantgrowthand deve1． opmentbyregulatinggenetranscription，know ledgeabouttherelationshipsbetweenthesemodificationsandgene expression isstilIIim ited．Thisstudyusedchromatin immunoprecipitationfollowed byhigh．throughputsequencing (ChiP—Seq)．toinvestigatethegenome—widedistributionoffourhistonemodifications：diandtrimethylationofH3K4 (H3K4me2andH3K4me3)andacylationofH3K9andH3K27(H3K9acandH3K27ac)in0ryzasativaL．iaponica．Byanalyz． ingpublishedDNase-Seqdata．thisstudyexploredDNase-Hypersensitive(DH)sitesalongthericegenome．Thehistone marksappearedmainlyingenericregionsandwereenrichedaroundthetranscriptionstartsites(TSSs)ofgenes．This analysisdemonstratedthatthefourhistonemodificationsandtheDHsiteswereallassociatedwithactivetranscription． Furthermore．thefourhistonemodificationswerehighlyconcurrentwithtranscriptregions--apromisingfeaturethat wasusedtopredictmissinggenesinthericegeneannotation．Thepredictionswerefurthervalidatedbyexperimentally confirm ingthetranscriptionoftwopredictedmissinggenes．Moreover,asequencemotifanalysiswasconstructed in ordertOidentifytheDHsitesandmanyputativetranscriptionfactorbindingsites． Keywords：bioinform