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haploview安装使用说明
Case-control Haploview 安装使用说明 131017 Haploview是一个进行单倍型分析的一个软件，该软件具有如下功能： 1.连锁不平衡与单倍型分析 2.单倍型人群频率估算 3.SNP与单倍型关系分析 4.相互关系的排列测验 5.可以从HapMap上直接下载基因型信息 Part 1 安装 1、软件： 1） Haploview必须在JAVA环境下才能运行，因此在安装该软件之前，必须先安装一个“JAVA” 2）java安装完之后需要改变环境变量 Java_home变量：C:\Program Files (x86)\Java\jre6 Classpath变量：C:\Program Files (x86)\Java\jre6\lib\dt.jar; C:\Program Files (x86)\Java\jre6\lib\tools.jar; C:\Program Files (x86)\Java\jre6\bin Path变量：C:\Program Files (x86)\Java\jre6\bin 3）检验java环境是否安装完成 开始-运行-键入“cmd” 键入命令java _version,java,javac几个命令，出现画面，说明环境变量配置成功 4）安装haploview软件 2、haploview使用 1）寻找tag snp 进入hapmap： / LD Plot 表示该基因所以snp 的的连锁情况，各个方 块的颜色由浅至深（白——红），表示连锁程度由低到高，深红色表示完全连锁。 2)连锁不平衡和单倍体分析 Data file需要输入的数据格式要求6列 1列：家系的ID，如果你分析的是无关个体，建议用自然序号1,2,3….来替代。 2列：个体的ID，做无关个体的研究则每个个体的编号不能重复 3列，4列：分别表示父亲的ID 、母亲的ID，做无关个体的研究，则第三列，第四列都赋值为0。 5列：个体的性别信息。1代表男性，2代表女性。 6列：个体的患病状态。0表示疾病状态未知；1表示个体未患病，2代表个体患病。 7列之后，每两列代表一个SNP位点 ，由于不能识别A/C/G/T，只能用数字表示： 1代表碱基A；2代表碱基C；3代表碱基G；4代表碱基T。?缺失数据用0表示。 在excel表格中整理的有关myd88的snp数据，将其copy至txt文档中，将txt文档命名为 Myd88.txt——之后更改扩展名为myd88.ped 整理myd88有关snp位点，以及snp位点的position 将其copy至txt文档，命名为
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