小鼠烧伤后时序芯片数据分析及免疫标志物的初步筛选.pdfVIP

第 ３６ 卷 第 ３ 期 暨南大学学报（自然科学与医学版） Ｖｏｌ．３６　Ｎｏ．３ ２０１５ 年 ６ 月 Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｊｉｎａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（Ｎａｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＆Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｅｄｉｔｉｏｎ） Ｊｕｎ．　２０１５ 　 小鼠烧伤后时序芯片数据分析及免疫 标志物的初步筛选 高艳彬１ ，　卢志阳１ ，　金　辉１ ，　史鹏伟１ ，　王桂芳１ ，　温皇鼎１ ，　杨　磊１ （南方医科大学 南方医院 烧伤科，广东 广州 ５１０５１５） ［摘　要］　目的：从基因转录水平探讨烧伤早期免疫系统功能变化情况，并筛选烧伤后免疫相关标志物，为临床 诊疗提供新思路．方法：ＧＥＯ 数据库下载 ＧＳＥ７??０４ 数据集（小鼠，２５％ＴＢＳＡ，３ 度），共获得 ３２ 例基因表达谱数据． 应用配对样本 ｔ 检验和倍比法（ｆｏｌｄｃｈａｎｇｅ，ＦＣ）筛选差异表达基因（Ｐｖａｌｕｅ ＜００１ 和 ｜ｌｇＦＣ ｜＞１）．分别利用 ＤＡＶＩＤ 数据库和 ＳＴＲＩＮＧ 数据库进行生物学过程功能富集分析及构建免疫相关蛋白互作网络．互作网络的模块及可视化 分析应用 Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ 软件进行，并用 ＢＩＮＧＯ 插件进行模块功能分析．结果：在烧伤后第 １ ｄ 的基因表达谱的变化最 显著，共 １ ８２５ 个差异基因被选出，其中上调基因 ６５８ 个，下调基因 １ １６７ 个．功能富集分析显示刺激反应和免疫系 统过程等生物学功能贯穿整个烧伤早期．蛋白互作网络分析表明 ＬＣＫ、ＣＣＲ２、ＴＬＲ２ 和 ＭｙＤ８８ 等免疫相关基因可能 在烧伤早期免疫功能变化过程中起着重要的作用．结论：利用生物信息学方法，分析烧伤后时序基因芯片数据，可 以有效地揭示烧伤后免疫系统潜在的分子机制，可以为早期诊断和治疗靶点的筛选提供新的思路． ［关键词］　烧伤；　免疫系统过程；　功能富集分析；　免疫相关蛋白互作网络 ［中图分类号］　Ｒ６４４　　［文献标志码］　Ａ　　［文章编号］　１０００ －９９６５（２０１５）０３ －０２７５ －０７ ｄｏｉ：１０．１ １７７８ ／ｊ．ｊｄｘｂ．２０１５．０３．０１６ Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ ｏｆ ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ ｉｍｍｕｎｅ ｓｙｓｔｅｍ ｐｒｏｃｅｓｓ ｗｉｔｈ ｐｏｓｔ ｂｕｒｎ ｉｎｊｕｒｙ ｔｉｍｅｃｏｕｒｓｅ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｄａｔａ ｉｎ ｍｉｃｅ ＧＡＯ Ｙａｎｂｉｎ１ ，　ＬＵ Ｚｈｉｙａｎｇ１ ，　ＪＩＮ Ｈｕｉ １ ，　ＳＨＩ Ｐｅｎｇｗｅｉ １ ，　ＷＡＮＧ Ｇｕｉｆａｎｇ１ ，　 ＷＥＮ Ｈｕａｎｇｄｉｎｇ１ ，　ＹＡＮＧ Ｌｅｉ １ （Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｂｕｒｎｓ，Ｎａｎｆａｎｇ ｈｏｓｐｉｔａｌ，Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ ５１０５１５，Ｃｈｉｎａ） ［Ａｂｓｔｒａｃｔ］　Ａｉｍ：Ｏｕｒ ｓｔｕｄｙ ａｉｍｓ ｔｏ ｄｅｅｐｅｎ ｔｈｅ ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇｓ ａｂｏｕｔ ｔｈｅ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ｏｆ ｉｍｍｕｎｅ ｓｙｓ ｔｅｍ ｐｒｏｃｅｓｓ ｐｏｓｔｂｕｒｎ ｉｎｊｕｒｙ ｖｉａ ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ ｒｅｌｅｖａｎｔ ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ ｗｉｔｈ ｔｉｍｅｃｏｕｒｓｅ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｄａｔａ ｉｎ ｍｉｃｅ．Ｍｅｔｈｏｄｓ：Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｄａｔａ ｓｅｔ ＧＳＥ７４０４ ｗａｓ ｄｏｗｎｌｏａｄｅｄ ｆｒｏｍ ＧＥＯ ｄａｔａｂａｓｅ，ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ １６ ｂｕｒｎ ｉｎｊｕｒｙ （Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ，２５％ＴＢＳＡ，ｆｕｌｌｔｈｉｃｋｎｅｓｓ）ａｎｄ １６ ｃｏｎｔｒｏｌｓ．Ｓｔｕｄｅｎｔｓ ｔ