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关于正性调节区锌指蛋白 8 的研究进展
正性调节区锌指蛋白 8(PR domain zinc finger protein8,PRDM8)是 PRDM 家族中非常具有代表性的蛋白,它拥有典型的 PR 结构域和锌指结构,是神经系统发育和睾丸发育中重要的调控因子。PRDM 名称来源于 N 端保守的结构域--PR 结构域(PR domain)。PR 结构域最初是在正性调节区 I-结合因子 1(positive regulatory domain I-binding factor 1,PRDI-BF1)和视网膜母细胞瘤蛋白质结合的锌指蛋白 1(retinoblastoma protein-interacting zinc finger protein 1,RIZ1)两个蛋白(现在常分别称为 PRDM1、PRDM2)中发现,从而被命名为 PR(PRDI-BF1-RIZ1 homologous)domain。PRDM 家族在进化过程中行使的功能逐渐专业化。PRDM 基因最初出现在多细胞动物中,在脊椎动物中其家族成员不断扩大,在人类基因组中共有 17 个基因编码该家族蛋白[3]。该家族在基因表达调控和信号转导等过程中起着非常重要的作用,与细胞的增殖调控、分化、发育等密切相关,癌症以及一些其他疾病也与其家族中某些成员的异常有关。
1 PRDM 蛋白概述
1.1 PRDM 蛋白的结构特点
PRDM 蛋白家族具有两个显著的结构特点--PR 结构域和不等数量的锌指结构(zinc fingers),此外有些成员还具有锌关节(zinc knuckle)。
⑴PR 结构域。PR 结构域是一段长约 130 个氨基酸的同源域,大多数位于蛋白质的 N 端。该结构域的氨基酸有20% ~ 30% 与 SET[Su(var)3-9,E(z) and trithorax]结构域一致。大部分 SET 结构域蛋白都具有组蛋白甲基转移酶( histone methyltransferase ,HMT) 活性。然而只有PRDM2、PRDM8 和 PRDM9 的 PR 结构域具有 HMT 活性。
⑵锌指结构域。除了 PRDM11 外,其他所有的 PRDM家族成员都具有数量不等的锌指结构。锌指结构介导PRDM 与 DNA 和蛋白相互作用:已证实 PRDM1、3、4、5、9、14 和 16 能够通过锌指结构进行序列特异性的 DNA结合;一些成员通过锌指结构募集组蛋白修饰酶。
⑶锌关节。锌关节是一段长约 20 个氨基酸的基序,因含有半胱氨酸和组氨酸,所以能结合锌离子。锌关节位于人类 PRDM 蛋白结构域之前,存在于 PRDM4、6、7、9、10、11 和 15中,很可能参与蛋白-蛋白相互作用。
1.2 PRDM 蛋白的作用方式
目前的研究显示,PRDM 蛋白家族主要通过以下三种方式来行使功能。
⑴内在的 HMT 活性。具有 HMT 活性的 PRDM 成员直接对靶基因的染色质结构进行修饰,从而调控基因的表达。PRDM2 和 PRDM8 通过催化组蛋白 H3K9 的二甲基化(H3K9me2)来抑制基因的表达,而 PRDM9 通过催化 H3K4me3 来激活基因的表达。PRDM3 和 PRDM16催化的 H3K9me1 对于维持哺乳动物异染色质的完整性是必需的。
⑵结合染色质编辑器。一部分成员通过与染色质编辑器(能够修饰染色质结构进而控制基因表达的蛋白[16])结合,完成对染色质的修饰,实现基因表达调控。PRDM 家族募集的染色质修饰酶包括 HMT、组蛋白去乙酰化酶、组蛋白乙酰转移酶等,大部分通过对染色质的修饰而抑制转录。
⑶与其他蛋白结合。除了与染色质编辑器结合外,PRDM 蛋白还能与许多蛋白相互作用,从而调控基因表达,参与信号转导等。
2 PRDM82.1 PRDM8 基因的结构
人PRDM8 基因位于 4q21,全长 19 060 bp,包含 10 个外显子和 9 个内含子。PRDM8 具有两个转录本:转录本1 包括所有的外显子;转录本 2 包括内含子 6 的一部分及之后的外显子。两个转录本表达同一个全长 689 个氨基酸的蛋白。PRDM8 中 PR 结构域位于蛋白的 N 端,一个锌指结构紧随 PR 结构域之后,另两个位于蛋白的 C 端。小鼠的 PRDM8 基因位于 5 号染色体,全长 6580 bp,包含 4 个外显子和 3 个内含子。只有一个转录本,表达的蛋白全长 688 个氨基酸。该基因在脊椎动物中是保守的,人类与小鼠的 DNA 序列一致性达 86.2%;而氨基酸序列一致性更是高达 90.4%。因此常以小鼠为工具
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