Gromacs命令锦集.docVIP

目录 1、make_ndx 2 2、g_traj 3 3、g_energy另外一种用法 3 4、pdb2gmx 3 5、genion 5 6、editconf 6 7、g_rama 6 8、g_cluster 7 9、genbox 7 1、make_ndx Gromacs的索引文件，即index文件，由make_ndx程序生成，文件后缀为.ndx。 索引文件是gromacs最重要的概念文件，使用它可以在模拟过程中为所欲为。举一个简单的例子，比如想详细了解HIV整合酶切割DNA的反应机理，使用量子力学模拟反应位点的反应过程，而分子其他部位使用一般分子动力学模拟。于是我们就面临一个对模拟系统进行分割定义的问题，在gromacs中，就要用到索引文件。 基本的思路是这样的，在索引文件中，定义一个独立的组，这个组包括反应位点处所有原子。在模拟的.mdp文件中，对这个组定义量子力学模拟，事情就是这么简单。对蛋白进行量子力学模拟时，一般使用洋葱模型。所谓洋葱模型，就是对反应位点使用量子机制，在反应位点一定的半径内，使用半量子力学机制，然后分子部分使用分子机制。那么索引文件就定义一个使用量子力学的组，把需要引进量子机制的原子都放到这个组中；再定义一个半量子机制的组，同时放进需要半量子力学机制模拟的原子，再在.mdp文件中独自定义即可。 再举一个例子，比如说在进行SMD（Steered MolecularDynamics，这个我一直没有想到或者找到切恰的中文翻译方法，或许可以叫做牵引分子动力学？？别扭！！）中，要对蛋白莫一个原子或者残基作用力，那么可以建立一个索引文件，在该文件中定义一个组，把要施力的残基或者原子放到该组中。然后在.ppa文件中使用该组就行了。 如果我还没有说明白，那么看看gromacs的参考文件吧。如果还是不明白，可以来找我，我免费培训。^_^ 索引文件使用make_ndx命令产生，make_ndx -h可以看到全部的参数。运行make_ndx后，可以使用 r 命令选择残基， a 命令选择原子， name 命令多组进行改名。可以使用 | 表示或运算， 表示与运算。下面是几个简单的例子： ----------------------------- 1.选择56号残基 r 56 2.选择3至45号残基 r 3-45 3.选择3至15，23至67号残基 r 3-15 | r 23-67 4.选择3至15号残基的主干链原子 r 3-15 4 #在索引文件中，4号组为默认的主干链。 ----------------------------- 组合是灵活的，使用的时候好好发挥聪明的大脑啦。 个人觉得gromacs把索引文件概念做得非常好，并独立成一类文件是一个不小的创举啊。在这个概念很值钱的年代，基本上使gromacs多一个大大的卖点。 ? 2、g_traj 几乎gromacs的所有分析数据都可以输出为xmgrace的数据文件，g_traj可以产生gromacs轨迹的各个组的坐标，速度，受力和边界等等。使用” -com “参数可以求出轨迹中各个组的质心的坐标，速度，受力等；使用” -mol “则可以求取系统中各个分子的信息；” -ot “则可以求出系统中各个组的温度。还有几个其他参数，比如” -cv “可以求平均速度，” -cf “可以求平均受力等。其他参数同其他命令无异，参加说明文件。 3、g_energy另外一种用法 Gromacs的各个工具都很有个性，如果互相结合，可以做很多事情。 g_energy求系统轨迹各个能量的，一般跑完MD之后，使用g_energy处理ener.edr只能得到系统的各个能量项。但是如果想求系统中两个不同部分在模拟过程中的相互作用能量，那就要使用一些小窍门。 以下是实现的一个方法： 第一，根据原来的tpr文件建立一个新的tpr，在这个新的tpr中，明确定义感兴趣的组。这要用索引文件，见上文。 第二，用mdrun的 -rerun 参数指定原来的轨迹文件再跑一次模拟，这个过程很快。如果还想更快，可以使用trjconv把水分子去掉。这一个重复的模拟也产生轨迹文件，重要的是，还产生一个新的ener.edr文件，这个文件中包含了tpr文件中定义的各个组能量及相互作用能量（库伦相互作用能，范德华相互作用能等）。 第三，再使用g_energy把各个能量项提出来，想要什么提什么。 嗯，结果非常好。不信你试试。 4、pdb2gmx 使用gromacs做分子动力学模拟时，第一个要用到的命令一般都是pdb2gmx。这个命令吧pdb分子文件转化成gromacs独特的gro分子结构文件类型，同时产生分子拓扑文件。 Gromacs是典型的GPL软件，每一个命令都有很多命令参数。这对熟悉windows环