蛋白质质谱据处理方法的研究.pdfVIP

摘要 摘要 随着人类基因组测序的完成，生命科学进入了后基因组时代。蛋白质组学是 后基因组时代的重要研究领域之一。在蛋白质组学的研究中，蛋白质鉴定是最 为关键的环节。随着质谱技术的飞速发展，人们已经能在短时间内得到海量的 质谱数据，如何从这些海量的数据中提取有用的信息，进行蛋白质的有效鉴定 一直是蛋白质组学研究的一大难点。目前基于串联质谱和蛋白质序列数据库搜 索的鉴定方法，凭借其快速准确的特点，已成为蛋白质鉴定的主要手段。 本文在充分研究目前国际上蛋白质鉴定常用算法的基础上，采用相对熵的打 分算法，并进行了一定的改进，采用C撑语言设计并开发了属于我们自己的蛋白 质鉴定系统。该系统具有三个功能不同的模块，利用PI软件得到模拟裂解的理 论质谱数据库，并提取相应的蛋白和多肽的信息，再读入特定格式的实验质谱 数据文件进行适当的处理，将处理后的实验数据和理论数据通过相对熵算法进 行匹配打分，给出最后的鉴定结果。 为了验证蛋白质鉴定系统的打分效果，我们利用多组理论的串联质谱数据对 其进行了实效检验，并分析了改变二级质谱质荷比值和相对强度值、谱缺失等 因素对打分结果的影响。我们还利用蛋白质鉴定系统对BSA标准蛋白实验数据 集进行了鉴定有哪些信誉好的足球投注网站，并与Mascot软件鉴定得到的结果进行了比较，发现我们的 系统鉴定出了Mascot未能识别的8条有意义的匹配蛋白，最后我们利用十八蛋 白实验数据集进行测试，证明了我们的系统对于多蛋白的鉴定也有着比较好的 效果。 关键词：蛋白质组学，串联质谱，相对熵，蛋白质鉴定平台 ABSTRACT ABSTRACT a Withthe ofthehuman sciencehasentered sequencing genomecompleted．1ife isoneofthe areasofthe post-genomeperiod．Proteomicsimportant post—genome research．Intheresearchof identificationisthemostcriticallink． proteomics．protein With the ofmass can massivemass rapiddevelopmentspectrometry,weget datainashort howtoextractusefulinformationfromthe spectrometry time．but massivedataandmakeeffectiveidentificationof isa in proteinmajordifficulty virtueofthecharacteristicsoffastand proteomicsresearch．By accurate，the basedontandem identificationmethod mass and spectrometryproteinsequence databasesearchhasbecomea meansof identification． major protein Inth