玉米弯孢叶斑病菌RhoGAP基因_省略_族的全基因组鉴定与生物信息学分析_王玉莹.pdfVIP

玉米科 学2015，23(3)：44～49 JournalofMaizeSciences 文章编号：1005-0906(2015)03-0044-06 DOI:10.13597/ki.maize.science 玉米弯孢叶斑病菌RhoGAP基因家族的 全基因组鉴定与生物信息学分析 王玉莹，侯巨梅，赵丰舟，申永强，左豫虎，刘 铜 (黑龙江八一农垦大学农学院植物病理与应用微生物研究所，黑龙江大庆 163319) 摘 要：RhoGAPs(GTPaseactivatingproteins)通过与RhoGTP酶结合，促使GTP酶水解成RhoGDP无活状态，在 生物体中调控着重要的生物学功能。在全基因组上对玉米弯孢叶斑病菌(C.lunata)中RhoGAP基因家族成员进行鉴 定，对其序列特征分析。结果表明，玉米弯孢叶斑病菌(C.lunata)有5个RhoGAP基因家族成员，分布在5不同的Scaf⁃ fold上，其基因结构分析显示，外显子和内含子大小与位置均不一样，表现出复杂的基因结构。序列比对和系统进 化分析发现，5个RhoGAP氨基酸序列与其他真菌来源的RhoGAP一样具有特征性保守序列区，与粗糙脉胞菌(N. crassa)和小麦黄斑叶斑病菌(P.tritici-repentis)的RhoGAP蛋白关系密切，其亲缘关系最近。 关键词：玉米；RhoGAP；弯孢叶斑病菌；基因家族；基因结构 中图分类号：S513.035.3 文献标识码：A Genome-wideIdentificationandAnalysisofRhoGAP FamilyfromCurvularialunata WANGYu-ying,HOUJu-mei,ZHAOFeng-zhou,SHENYong-qiang,ZUOYu-hu,LIUTong (InstituteofPlantPathologyandAppliedMicrobiology,CollegeofAgronomy, HeilongjiangBayiAgriculturalUniversity,Daqing 163319,China) Abstract:RhoGAPs(GTPase-activatingproteins)enhancetheRhoGTPaseshydrolsisfromtheGTP-bound RhoproteinstoinactiveGDP-boundstate,causingtheirinactivationbycombinedwithRhoGTPases,whichplayan importantregulatoryfunctioninorganism. RhoGAPgenefamilyfromCurvularialunataongenome-widewasidenti⁃ fied,andthecharacteristicsofsequenceswereanalyzed.TheresultsshowedthatfiveRhoGAPgenesdistributedin fiveScaffoldswereidentified.AllRhoGAPgeneshaddifferentexonandintronsizeandlocationwhichshoweda complexgenestructure.Sequencealignmentandphylogeneticrelationshipshowedthatlikeotherfungilaccase, therewascharacteristicconservedsequencesineachoffiveRhoGAPaminoacidsequence,andphylogeneticanaly⁃ sisrevealedthatRhoGAPgeneticrelationshipclosedtoNeurosporacrassaandPyrenophora.tritici-repentis.Thispa⁃ perwillhe